三、相关税务问题。与案例有关的税务问题主要包括以下几点。
1、自行开发无形资产相关税务规定，《中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》[（94]财法字第003号）规定，自行开发并依法申请取得的无形资产，按照开发区过程中的实际支出计价。这与会计制度规定不同，而且实践中往往存在企业已经按会计制度规定予以费用化后很久才依法申请取得专利权、商标权的情况，有些开发费用在事后很难单独择录，而且涉及对以前期间的成本费用及损益的调整，所以实际上不利于操作，因此在《企业所得税税前扣除办法》（国税发[2000]84号）中规定，“纳税人自行研制开发无形资产，应对研究开发费用进行准确归集，凡在发生时已作为研究开发费直接扣除的，该项无形资产使用时，不得再分期摊销”。可以看作是对实施细则规定的修正，该规定的实质含义与会计规范精神无悖，即如果企业所发生的研究开发费用已在发生当期直接扣除的，则不得作为无形资产进行核算及分期摊销费用；而如果前述费用并未在发生当期直接扣除，则允许将其作为无形资产核算并分期摊销。所以，无论企业是按照《企业会计制度》还是按照准则进行核算，都不会与税法规定发生实质的冲突，除存在重复列支（扣除）费用情况外，对此问题通常不涉及纳税调整。
2、研发过程使用存货的税务问题，在实践中会经常发生，在此略作分析。按税法规定，企业研发过程中动用原材料所包含的增值税进项税，应做进项税额转出；动用产成品则应按税法规定视同销售，计算并确认增值税销项税额，涉及消费税等的也要予以确认。
3、研发支出加计扣除问题。新的《中华人民共和国企业所得税法》规定，企业的开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用发生的支出，可以在计算应纳税所得额时加计扣除。目前有效的具体规定见于国家税务总局《关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知（财税[2006]88号）：“对财务核算制度健全、实行查账征税的内外资企业、科研机构、大专院校等(以下统称企业)，其研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的技术开发费，按规定予以税前扣除。对上述企业在一个纳税年度实际发生的下列技术开发费项目，包括新产品设计费，工艺规程制定费，设备调整费，原材料和半成品的试制费，技术图书资料费，未纳入国家计划的中间实验费，研究机构人员的工资，用于研究开发的仪器、设备的折旧，委托其他单位和个人进行科研试制的费用，与新产品的试制和技术研究直接相关的其他费用，在按规定实行100%扣除基础上，允许再按当年实际发生额的50%在企业所得税税前加计扣除。企业年度实际发生的技术开发费当年不足抵扣的部分，可在以后年度企业所得税应纳税所得额中结转抵扣，抵扣的期限最长不得超过五年。”所以，按此规定有开发“三新“（新产品、新技术新工艺）开发项目的企业应注意按照政策规定健全会计核算，并注意在日常经济活动和会计核算中归集相关费用，收集必要的证明资料，以便于充分享受有利于企业的税收政策。
4、所得税的影响，企业研发费用的资本化或费用化会直接影响到企业的资产总额和损益情况，从税务角度看就是会影响到所得税应税所得额，正如前文所述，税法对于研发费用的核算只是作了禁止重复列支的规定，换句话说是资本化后进行摊销还是直接在发生时计入当期损益，只要企业所选用的会计政策符合制度准则规定，税法就允许税前扣除。但当期费用化会对盈利企业有递延纳税作用，对企业有利。但这并不意味着企业可以随意选择会计政策，而是要依据一贯性原则，即应该全面地、一以贯之地执行《企业会计制度》或新准则体系，不能仅选择自己未执行的制度或准则中对自己有利的部分条款。但在所执行的制度或准则框架下，尽可能选择对自己有利的会计政策，这是制度、准则和税法都允许的，实践中企业具有一定的选择空间。
