一、部门预算改革的现状
从2000年开始，各地高度重视部门预算改革工作，部门预算改革由浅入深，不断推进，取得了重大进展，确立了部门预算管理基本框架，规范了部门预算编制制度，初步建立了预算编制、执行和监督相分离的运行机制，增强了预算管理的公开性、公正性和透明性。在几年的改革实践中，各地虽然在改革模式、方法、步骤等方面不尽相同，但改革方向上是一致的。
（一）在编制形式上实行一个部门一个预算。所有与财政直接发生经费领拨关系的部门及所属单位都要编制部门预算，一个部门编制一本预算。部门在预算编制和执行中负起第一位的直接责任，使部门预算真正成为部门自己的预算。
（二）在管理方式上实行预算编制、执行、监督三分离。实施部门预算改革后，各级财政部门按照新的预算管理模式，调整了内部机构设置，强化了预算部门的编制职责，成立了专门的执行机构，明确了各个机构的职责分工，初步建立起预算编制、执行、监督相对分离又相互制约的预算管理新机制。预算编制、执行、监督三个环节的相对分离，既强化了预算管理，也增强了预算的刚性，从而有效地规范了政府的管财行为、财政的理财行为和部门的用财行为。
（三）在管理技术上实行计算机管理。为提高部门预算管理的现代化水平，财政部不断加快“金财工程”实施步伐，着力构建现代信息管理平台。地方财政部门根据财政部的统一部署，积极创造条件，抓好预算编制、指标管理、国库资金收付、财政供养人员信息系统等一系列应用软件的推广工作，为预算的审核监督和追踪评价奠定了良好的基础。
（四）在管理内容上实行政府资金统一管理。将部门及所属单位的所有收支编入部门预算，实行部门综合预算，将预算外资金纳入预算管理，实行“收支脱钩”，实现了预算内外资金的统筹安排、综合平衡。包括行政单位预算及其下属的事业单位预算;一般预算收支计划和政府基金预算收支计划;正常经费预算和专项支出预算;财政预算内拨款收支计划、财政预算外核拨资金收支计划和部门其它收支计划。
（五）在支付方式上实行国库集中支付。国库集中支付是财政管理体制改革的一项重要内容。通过实行国库集中支付制度将预算单位多头开户改为单一账户；由原来的预算单位自己支付改为以财政直接支付为主，授权单位自行支付行为为辅；财政资金由分散存放改为统一存放财政部门；将原来的事后反馈改为实时反馈，将事后监督改为实时监督。
二、当前部门预算执行审计面临的困难和问题
部门预算执行审计工作取得了很大成效，但还面临着一些困难和问题，主要体现在五个方面：
（一）审计覆盖面不大，深度不够。审计作为国家监督经济活动的重要手段,其监督的范围应该是全方位和多层次的。但是,当前部门预算执行审计监督仅限于财税纪律、支出真实性等方面的监督,对支出的合理性、效益性缺乏应有的监控指标。审计的覆盖面不大、深度不够，是部门预算执行审计普遍存在的问题。没有一定的覆盖面，审计机关就很难从总体上分析部门的预算改革和预算管理等宏观性问题，也就难以提出建设性的意见和建议；审计的深度不够，就很难发现部门存在比较严重的违法违规、损失浪费问题，更难以揭露其体制机制制度方面的问题，对被审计单位难以起到震慑和促动作用。
（二）审计成果提炼分析不够。一些审计机关在预算执行审计中，仅停留在对一般财政财务管理的违法违规问题的查处上，对部门存在的普遍性和倾向性问题缺乏敏感性，不太注重对审计成果的提炼，很少从宏观角度开展审计调查和从体制、机制、制度上深入分析问题产生的原因，提炼不出有价值的宏观政策建议，无法引起当地党委和政府的足够重视，对建立公共财政体系的推动作用不直接、不明显。
（三）审计决定落实力度不够。在部门预算执行审计中，“重查处、轻落实”的现象仍不同程度地存在。尽管地方审计机关每年都要求被审计单位汇报审计决定的落实情况，但对其的监督检查并不到位，被审计单位的落实情况在某种程度上存在水分。一方面，一些地方审计机关下达审计决定后，仅由被审计单位自行上报落实情况，并未派人到被审计单位检查、核实；另一方面，对被审计单位产生问题的制度根源是否被消除不太关心，对其建章立制的情况及效果不太关心，缺乏跟踪问效的意识。
（四）效益审计评价体系不完善。随着政府部门预算改革的扩大和深入，部门预算执行效益审计显得越来越重要。但当前，部门预算执行效益审计的开展，面临着一些问题亟待解决，特别是效益审计评价体系还没建立。部门预算执行效益审计是建立在绩效预算的基础之上的。所谓绩效预算，即建立一套科学的绩效指标，通过这些指标来确定公共资源的事前配置，以及衡量预算执行的质量和效果。审计部门在审计工作中也依据这套指标进行检查和评价。但目前，我们没有一套这样行之有效的指标。要建立这样一套指标，不仅需要一个较长时间的实践过程，而且也不可能靠审计机关单独来完成。
（五）审计力量不能满足审计发展需要。随着经济社会的发展，党委和政府的要求越来越高，社会各界的期望越来越高，今后审计机关任务较重与审计力量不足的矛盾更加突出。同时，随着公共财政体制改革不断推陈出新，各项配套政策相继出台，政府部门业务工作和财务工作交叉日益紧密，审计人员面临的审计环境日益复杂。因信息闭塞、培训不够等因素的影响，审计人员的知识面较窄，宏观意识不强，知识更新缓慢，与审计工作的需要相比还有差距。
