（五）明确了公益性捐赠支出税前扣除的范围和条件
原税法对内资企业公益性捐赠支出采取在比例内限额扣除办法（应纳税所得额3%以内），对外资企业采取据实扣除。新企业所得税法统一了内外资企业公益性捐赠扣除的标准，规定企业发生的公益性捐赠支出，在年度利润总额12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除，这样不仅提高了扣除标准，而且扩大了计算基数。为增强可操作性，实施条例对公益性捐赠作了界定：公益性捐赠是指企业通过公益性社会团体或者县级以上人民政府及其部门，用于《中华人民共和国公益事业捐赠法》规定的公益事业的捐赠，同时明确规定了公益性社会团体的范围和条件。
显然，新企业所得税法在统一内外资企业税前扣除标准和范围的基础上，基本遵循了据实扣除的思路，体现了“净所得”的理念，这不仅塑造了内外资企业平等竞争的平台，而且消除了内资企业所得税重复征税现象，显著降低了内资企业所得税税负，对内资企业无疑是一个重大的利好消息。
三、税率适当降低
新企业所得税法基本税率为25%，另外设置了两档优惠税率，即对国家需要重点扶持的高新技术企业征收15％的企业所得税，对符合条件的小型微利企业征收20%的企业所得税。借鉴国际通行做法，按照便于征管的原则，实施条例第92条界定了小型微利企业的条件，小型微利企业分为小型微利工业企业和小型微利其他企业。前者同时满足年度应纳税所得额不超过30万元、从业人数不超过100人、资产总额不超过3000万元三个条件；后者同时满足年度应纳税所得额不超过30万元、从业人数不超过80人、资产总额不超过1000万元三个条件。与原企业所得税微利企业优惠政策（内资企业年应纳税所得额3万元以下的减按18%的税率征税，3万元至10万元的减按27%的税率征税）相比，年应纳税所得额在3万元（含3万元）以下的企业的税率上升了2个百分点，但总体来说，优惠范围扩大，优惠力度有较大幅度提高。据测算，将应纳税所得额界定为30万元，会使40%的企业适用20%的税率。
实施条例第93条将高新技术企业的界定范围，由原企业所得税按高新技术产品划分改为按高新技术领域划分，规定产品（服务）应属于《国家重点支持的高新技术领域》的范围，以解决现行政策执行中产品列举不全、覆盖面偏窄、前瞻性欠缺等问题。同时，实施条例还规定了高新技术企业的认定指标：拥有核心自主知识产权；产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；研究开发费用占销售收入的比例、高新技术产品（服务）收入占企业总收入的比例、科技人员占企业职工总数的比例，均不低于规定标准。这样规定，强化以研发比例为核心，税收优惠重点向自主创新型企业倾斜。
四、特别纳税调整强化反避税手段
随着经济的发展，企业利用各种避税手段规避所得税的现象日趋严重。为实现税收执法公平，国家税务总局自1998年以来颁布了一系列反避税行政规章，但立法层次较低，约束力不高，甚至在一定程度上改变了其上位阶的企业法律、行政法规的规定，且条款比较原则，缺乏可操作性。为改变这种状况，统一后的企业所得税法借鉴国际惯例，专门单辟第六章“特别纳税调整”，对转让定价、资本弱化、避税港避税等各种避税行为进行规范。实施条例则进一步对关联交易中的关联方、关联业务的调整方法、独立交易原则、预约定价安排、提供资料义务、核定征收、防范受控外国企业避税、防范资本弱化、一般反避税条款以及对补征税款加收利息等方面作了明确规定。但由于反避税情况复杂，实施条例没有明确资本弱化避税中债权性投资和权益性投资的比重标准，也没有就企业利用避税地避税制定明确的操作方案。
（一）明确了关联交易转让定价的调整方法
关联企业转让定价是企业一种极为常见的避税办法，因此，转让定价税制也是新企业所得税法反避税规则中的重要内容。新企业所得税法从税务调整一般规则、预约定价安排以及相关程序规定三个方面规范了转让定价税制，实施条例则对这些方面进行了具体化。1.明确规定独立交易原则是关联企业间转让定价税务调整的基本原则。企业与其关联方之间的业务往来，如果不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或所得额的，税务机关可以按照可比非受控价格法、再销售价格法、成本加成法、交易净利润法和利润分割法进行调整；企业与其关联方共同发生的成本，应按独立交易原则和收益与成本配比原则共同分摊，否则在计算应纳税所得额时不得抵扣。2.明确了预约定价安排可以作为关联企业定价的重要方法，企业可以就与其关联方之间业务往来的定价原则和计算方法，向税务机关提出申请，经主管税务机关与企业协商、确认后，达成预约定价安排。3.规定了关联企业的协助义务。税务机关在对关联企业征税、调查取证的过程中，企业有提供相关资料协助调查的义务；如企业不提供与其关联方之间业务往来资料，或者提供虚假、不完整资料，未能真实反映其关联业务往来情况的，税务机关可以核定其应纳税所得额，调整的方法有参照同类或类似企业的利润率水平、企业成本加合理的费用和利润以及关联企业集团整体利润的合理比例来核定。
（二）制定防范避税地避税规则
随着我国企业境外投资的增加，以避税港方式进行避税也日益成为避税的重要方式。据统计，在我国的投资前十位中，来自避税港英属某群岛的投资居第三位，这充分说明当前我国某些企业利用避税港避税的严重性。新企业所得税法弥补了立法的空白，第一次在税法中明确规定了反避税地避税的规则，规定“由居民企业，或者由居民企业和居民个人控制的设立在实际税负明显低于我国的税率水平的国家（地区）的企业，并非由于合理的经营需要而对利润不作分配或者减少分配的，上述利润中归属于该居民企业的部分，应当计入该居民企业当期的收入征收所得税。”实施条例第117条和118条从持股比例和实质重于形式两个方面明确了“控制”的内涵：即居民企业或者中国居民直接或者间接单一持有外国企业10%以上有表决权股份，且由其共同持有该外国企业50%以上股份，或者持股比例虽少于上述标准，但在股份、资金、经营、购销等方面对该外国企业构成实质控制；实施条例第119条对“实际税负明显低于我国的税率水平”作了量化规定，即低于基本税率的50%（实际税率为12.5%）。但由于没有对“合理的经营需要”作出明确界定，使其操作性大打折扣。
（三）明确了补征税款的征收办法
首先，对进行特别纳税调整需要补征税款的，应该按照税款所属纳税年度与补税期间同期的人民币贷款基准利率加5个百分点的利率计算加收利息；对企业按照企业所得税法和实施条例的规定提供有关资料的，可以只按照税款所属纳税年度与补税期间同期的人民币贷款基准利率计算加收利息。利息计算时间从税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴税款之日止，按日加收利息。其次，对于企业的关联交易，税务机关有权在该业务发生的纳税年度起10年内，进行纳税调整。
