一、对企业所得税纳税人作了细化规定
实行法人所得税制是企业所得税改革的方向，实践中大多数国家也是以法人（或公司）作为确定企业所得税纳税人的标准，我国也一样，采取了国际上通行的法人所得税制，首次将纳税人划分为“居民企业”和“非居民企业”，并分别规定其纳税义务：即居民企业承担全面纳税义务，就其境内外全部所得纳税，非居民企业承担有限纳税义务，就其来源于中国境内所得部分纳税。
实行法人所得税制的关键是把握居民企业和非居民企业的标准。为了防范企业避税，结合我国实际情况，新税法采用了“登记注册地”和“实际管理机构地”双重标准来判断居民企业和非居民企业，居民企业是指依照中国法律、法规在中国境内成立，或是实际管理机构在中国境内的企业；非居民企业是指依照外国地区法律、法规成立且实际管理机构不在中国境内，但在中国境内设立机构、场所的，或者在中国境内未设立机构场所，但有来源于中国境内所得的企业。从国际上看，实际管理机构地包括对企业生产经营实施日常管理的地点和作出重要经营决策的地点；在处理方式上，税法一般只作出原则性规定，尔后通过案例判定形成具体标准。为防止企业避税，维护国家税收主权，实施条例采取了适当扩展实际管理机构范围的做法，将其规定为企业的生产经营、人员、账务、财产等实施实质性全面管理和控制的机构。这样做，有利于以后根据具体情况作出判断，更好地保护我国的税收利益。
二、放宽了税前费用扣除标准和范围
企业所发生的支出，是否准予在税前扣除以及扣除范围和标准的大小，直接决定着企业应纳税额的大小，进而影响到企业所得税税负的高低。新企业所得税法第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。为了便于操作，实施条例对“有关的支出””和“合理的支出”进行了定义：“有关的支出”是指与取得收入直接相关的支出；“合理的支出”是指符合生产经营活动常规，应当计入当期损益或者有关资产成本的必要和正常的支出。在此基础上，实施条例对企业支出扣除的具体范围和标准主要作了以下具体规定：
（一）工资薪金税前全额扣除
原税法对内资企业的工资薪金支出实行计税工资扣除，对外资企业实行据实全额扣除，这是造成内、外资企业税负不均的重要原因之一。实施条例统一了企业的工资薪金支出税前扣除政策，规定企业发生的合理的工资薪金支出，准予税前全额扣除。之所以加上“合理”的限制，主要是防止企业利用工资薪金避税，如企业可能通过对在企业任职的股东或其亲属多发工资变相分配股利，规避税收。对合理的判断，主要从雇员实际提供的服务与报酬总额在数量上是否配比来进行，凡是符合企业生产经营活动常规而发生的工资薪金支出都可以在税前据实扣除。这样，不仅消除了对内资企业按计税工资进行税前扣除的歧视性规定，同时也避免了对内资企业工资薪金的重复课税。
（二）具体规定了职工福利费、工会经费、职工教育经费的税前扣除标准
原税法规定，对企业的职工福利费、工会经费、职工教育经费支出分别按照计税工资总额的14%、2%和1.5%计算扣除。实施条例继续维持了职工福利费和工会经费的扣除标准，但计算扣除基数由“计税工资总额”调整为“工资薪金总额”，这样扣除额将相应提高；为鼓励企业加强职工教育投入，实施条例提高了职工教育经费支出的扣除比例，对不超过工资薪金总额2.5％的部分全额扣除，超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
（三）调整了业务招待费的税前扣除
原税法对内、外资企业业务招待费支出实行按销售收入的超额累退限额扣除，新税法则改变了这一做法。由于商业招待和个人消费之间难以区分，国际上处理的方法一般是在二者之间人为规定一个划分比例，如意大利业务招待费的30%属于商业招待可在税前扣除，加拿大为80%，美国、新西兰为50%。借鉴国际经验和现行的扣除办法，实施条例规定，企业发生的与生产经营活动有关的业务招待费支出，按照发生额的60％扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5‰。
（四）统一了广告费和业务宣传费的税前扣除
原税法对内资企业广告费和业务宣传费的扣除标准和范围，是根据不同行业采用不同比例限制扣除，而对外资企业则没有限制。由于广告费和业务宣传费具有一次投入大、受益期长的特点，因而应该视同资本性支出，不能在当期一次扣除，因此，实施条例在统一内外资企业广告费和业务宣传费的支出税前扣除政策的基础上，规定不超过当年销售（营业）收入15％的部分准予扣除，超过部分在以后纳税年度结转扣除。
