4．单位会计水平逐年下降，财务管理日益艰难
会计集中核算后，单位取消了出纳和会计岗位，只设报账员。于是有些单位领导认为现在单位不用记账了，只报一下备用金，谁都可以干，因此把原来多年培养的财会人员调离岗位，把一些不熟悉财务的人员安排到报账员岗位，有的还是兼职的。现在许多报账员既非会计专业毕业，又无上岗证，真正的会计人员越来越少，整体会计水平呈每况愈下之势。
由于不熟悉财务知识，不了解相关法律法规和规章制度，对会计工作的严肃性缺乏认识，对本单位经济业务把关能力不足，单位的财务管理水平大大降低。许多单位对自身财务状况甚至是一头雾水，糊里糊涂，有钱就花，无钱就要。这样的结果使得单位的财务管理工作开展艰难，也常使单位有意或无意违法乱纪。
报账员担任会计工作，但会计的待遇地位却不被认可，报账工作积极性主动性自然得不到充分发挥，遇到问题能推则推，敷衍了事，财务管理职能严重弱化，给会计核算中心和单位的工作带来了很大的影响。同时，单位的会计活动是财政管理的重要组成部分，撤销会计机构，取消会计岗位，等于取消了财政工作的基础。随着部门预算、国库集中支付制等财政改革政策的出台，单位财务管理的职能还需要进一步加强，如果单位会计水平进一步下滑，则必将给单位财务和财政工作带来严重影响。
5．模式上的缺陷导致会计监督存在盲区，会计信息质量难以在真正意义上提高
实行会计集中核算后，其大厅式的工作模式造成了会计核算与财务管理分离。会计核算中心远离原始凭证记载事项的发生环境和地点，难以对单位经济活动进行直接及时全方位的监督，发票及经济内容真实与否难以查实，会计信息质量难以在真正意义上提高。
往来款项不能及时清理也是一个棘手的问题。由于核算中心人员对各单位情况了解较少，许多单位报账员又不是专职会计，往往也不清楚往来款项的来龙去脉，时间长了变成了呆账死账，从而造成国有资产流失。
另外，在会计集中核算体制下，单位固定资产管理有脱节问题。有些单位的固定资产明细账没有如实登记，家底不清，账外资产流失现象时有发生，使核算中心账与单位实物不符，导致会计信息在一定程度上失真。
6．专项资金管理存在对接缺口
对于专项资金，财政职能部门始终存在重分配轻使用的管理方式，对专项资金管理不够严格，跟踪问效流于形式。会计核算中心主要负责大量的会计核算，并未直接参与财政部门内部职能机构工作，因此对财政职能部门的业务、相关政策变化、跟踪重点无从知晓，这样会计核算中心就没有能力和条件代替财政职能部门实施财政监督。而财政职能部门认为预算单位统一纳入了会计核算中心，以为“一统就灵”，放松了财政监管，形成了新的监管死角。
7．会计集中核算模式的适用范围有限
实行会计集中核算后，表面上看，所有的单位都不用记账和进行会计核算了，但由于账务系统在核算中心，很多单位的负责人不能及时地了解本单位财务活动的真实情况，特别是核算业务量大、业务比较复杂的单位，对其核算业务由核算中心管理感到十分不便，其往往需要建立另外一套辅助账来进行备查，有的单位甚至还另外使用自己的财务软件来进行核算，这样的结果，单位不但没有省事，反而比原来麻烦多了。
可以看出，会计集中核算模式只适用于单位比较集中，业务来往比较单纯的行政机关。对一些规模较大、资金来源渠道多、流动性强，资金项目比较复杂的以及有单独会计制度的部门（如民政、建设局、园林、环卫、教育等）就有些勉为其难。
四、会计集中核算的改进之路
从上面的利弊分析中可以看出，作为财政部门在会计领域的改革，会计集中核算体制虽然取得一定的成效，但也存在许多难以弥补的缺陷，可以说会计集中核算模式并不是财政体制改革的最佳模式。
对于各地推行的会计集中核算制，财政部于2009年《关于全面加强地方财政资金安全管理的通知》中又提出要积极落实会计集中核算转轨工作。由此看来，会计集中核算模式向国库集中支付并轨，已是大势所趋。
具体到实际，笔者认为应该以《会计法》等国家法律法规的统一规定为依据，以科学发展观为指引，以构建公共财政框架体系为目标，在综合考虑、取长补短的基础上，将会计集中核算向国库集中支付并轨，建立一套科学有效的财政运行管理体制。
1．取消单位报账员，重设会计岗位
实行会计集中核算和撤销单位会计岗位使单位内部财务管理日趋弱化，并带来了诸多弊端。事实上，报账员除了不负责单位会计核算任务外，仍然要承担单位的部门预算、年终决算、预算外资金管理、公积金、养老金、公费医疗、工资核算、资产管理、往来款项、基本建设、国库集中支付以及现行的会计报账等业务，这些业务相当复杂，至少需要一名业务水平比较高的专职会计才能胜任，否则单位的财务管理将是一塌糊涂，成为一个谁都说不清的乱摊子，会计集中核算以及更为重要的财政工作也会感到倍加艰难。因此，转变核算中心职能，恢复单位会计岗位，加强与完善各单位的财务管理已成当务之急。
2．开通远程报账系统，将记账与核算功能返归单位
目前，我国大部份地区的会计核算中心已经开始从会计集中核算向远程报账式的会计审核监督过渡。各单位通过远程登录将经济业务按照核算内容录入核算中心的账务系统，然后再将原始单据拿到核算中心审核支付，通过后由单位拿回记账和保管。实现远程报账后，核算中心工作人员可以有更多的精力从事会计监督和财政监督。由此，会计中心完成了从核算型向管理型的转变。
3．修改现行会计核算运行模式
前面提到，会计集中核算模式的适用范围有限，因此，可以考虑修改现行的会计核算运行模式。
我国各地的行政事业单位大体分为两个大的系统，即教育系统和政府机关系统。因此，可考虑在会计集中核算体制下外设两个核算组，即在教育系统的主管局下成立学校集中核算组；在政府机关系统下以机关事务处为主设机关集中核算组。规模较大的单位在恢复会计和出纳岗位后，自行记账；规模较小的单位，分教育和机关分别纳入学校集中核算组和机关集中核算组。核算模式修改后，财政记账功能转至教育和机关核算组，也解决了财政职能越位问题，符合实际情况，节约了成本，提高了运行效率。
4．积极推动会计集中核算与国库集中支付的融合
在全国各地推行国库集中支付制度的大趋势下，可以考虑将会计核算中心与国库集中支付合二为一，下设稽核中心和支付中心两个部门。国库稽核中心承接原会计核算中心的会计监督和财政监督职能，采用远程报账方式监督各单位收支及核算业务；支付中心则承担国库支付执行机构的职能，具体负责财政资金的审核、拨付与监督工作。会计核算中心与国库集中支付的融合，也弥补了以前单纯的会计核算模式与财政职能部门之间形成的对接缺口，加强了监督。
