长期股权投资在持有期间，根据投资企业对被投资单位的影响程度以及是否存在活跃市场、公允价值能否可靠取得等进行划分，应当分别采用成本法或权益法进行核算。但不论企业采用哪种方法核算，都不会改变所得税的处理方法。
（一）长期股权投资采用成本法核算
成本法适用范围：企业持有的能够对被投资单位实施控制的长期股权投资以及投资企业对被投资单位不具有共同控制或重大影响，且在活跃市场中没有报价、公允价值不能可靠计量的长期股权投资。
（1）被投资单位宣告分派现金股利或利润。会计处理：《企业会计准则解释第3号》（财会[2009]8号，以下简称“解释3号”）。采用成本法核算的长期股权投资，投资企业取得被投资单位宣告发放的现金股利或利润，除取得投资时实际支付的价款或对价中包含的已宣告但尚未发放的现金股利或利润外，投资企业应当按照享有被投资单位宣告发放的现金股利或利润确认投资收益，不再划分是否属于投资前和投资后被投资单位实现的净利润。而是一律计人当期“投资收益”科目，这与税法确认收入的时间一致。税务处理：《条例》规定，股息、红利等权益性投资收益，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，按照被投资方作出利润分配决定的日期确认收入的实现。居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益，为免税收入，但不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。为此，居民企业之间的直接投资取得的投资收益，属于免税收入，因此年末汇算清缴时需作纳税调减处理。
（2）被投资单位宣告派发股票股利。会计处理：对于股票股利，不管企业采用成本法核算还是权益法核算，投资企业均不做账务处理，只需在除权日备查登记增加的股数，以反映股数的变化。税务处理：《条例》第十三条规定，企业以非货币形式取得的收入，应当依照公允价值确定收入额，其中，公允价值是指按照市场价格确定的价值。如果不属于免税收入，则年末汇算清缴时需作纳税调增处理。
（3）期末长期股权投资发生减值。会计处理：企业应当在会计期末判断资产是否存在减值迹象，如果发生减值损失，不论企业采用成本法核算还是权益法核算，均应计提减值准备并计入当期损益。长期股权投资减值准备一经计提不得转回，处置该投资时，相应结转减值准备。税务处理：《条例》规定，未经核定的各项资产减值准备、风险准备等准备金支出不得税前扣除。但国税发[2009]57号涉及了股权投资持有期间发生的静态损失的处理。规定企业的股权投资符合下列条件之一的，减除可收回金额后确认的无法收回的股权投资，可以作为股权投资损失在计算应纳税所得额时扣除：被投资方依法宣告破产、关闭、解散、被撤销，或者被依法注销、吊销营业执照的；被投资方财务状况严重恶化，累计发生巨额亏损，已连续停止经营3年以上，且无重新恢复经营改组计划的；对被投资方不具有控制权，投资期限届满或者投资期限已超过10年，且被投资单位因连续3年经营亏损导致资不抵债的；被投资方财务状况严重恶化，累计发生巨额亏损，已完成清算或清算期超过3年以上的；国务院财政、税务主管部门规定的其他条件。这样，企业由于以上原因发生的减值，经税务机关审批后，可以税前扣除，从而减少了会计与税务处理的差异。
（4）处置长期股权投资。会计处理：处置长期股权投资时，应结转与所售股权相对应的长期股权投资的账面价值，出售所得价款与处置长期股权投资账面价值之间的差额，不论收益或损失，均应确认为处置损益。税务处理：转让或者处置投资资产所得价款与投资资产的计税基础之间的差额，为股权转让所得（或损失）。由于会计上的账面价值与计税基础可能不一致，导致长期股权投资处置损益与股权转让所得（或损失）金额相应存在差异，产生暂时性差异的一次性转回，因此年末汇算清缴时需认真分析。对于企业实际发生的股权转让损失，国税发[2009]88号文件规定，经税务机关批准，可以在当年一次申报扣除。即企业发生的股权转让损失的会计处理与税法规定一致。
（二）长期股权投资采用权益法核算
适用范围：投资企业对被投资单位具有共同控制或重大影响的长期股权投资，即对合营企业及联营企业的投资，应当采用权益法核算。
（1）初始投资成本调整。会计处理：CAS 2规定，长期股权投资的初始投资成本大于投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值的份额，两者之间的差额不要求对长期股权投资的成本进行调整；初始投资成本小于取得投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值份额的，两者之间的差额计入当期营业外敢人，同时调整增加长期股权投资的账面价值。税务处理：企业为取得该项投资实际发生的代价为该投资的计税基础。初始投资成本小于取得投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值份额的产生的营业外收入，不征收企业所得税，年末汇算清缴时应作纳税调减处理。
（2）确认投资收益。会计处理：投资企业取得长期股权投资后，应当按照应享有或应分担的被投资单位实现净损益的份额，调整长期股权投资的账面价值，并确认为当期投资损益。被投资方宣告分配现金股利或利润时，相应的冲减投资成本，不确认投资收益。投资单位确认被投资单位的净亏损，应当以长期股权投资的账面价值以及其他实质上构成对被投资单位净投资的长期权益减记至零为限，投资企业负有承担额外损失义务的除外。税务处理：《条例》规定，被投资方实现的利润由被投资方缴纳企业所得税，其税后利润投资方不确认所得；被投资方发生的会计亏损，应由被投资方用以后年度的留存收益弥补，被投资方发生的税务亏损，应由被投资方用以后年度实现的应纳税所得额弥补，弥补期不得超过5年。被投资方宣告分配股利或利润时，投资方按照应享有的份额确认股息所得。这样，在会计处理上，期末被投资单位实现净损益时确认投资收益；而在税务处理上，则只有当被投资方宣告分配时，投资方才确认股息所得。因此，年末汇算清缴时，一方而应将会计上确认的投资收益进行纳税调减；另一方面要区分股息所得是否属于免税收入，属于应税收入的部分应作纳税调增。
（3）投资企业对于被投资单位除净损益以外所有者权益的其他变动。会计处理：投资企业对于被投资单位除净损益以外所有者权益的其他变动，在持股比例不变的情况下，按照持股比例计算应享有或承担的部分，调整长期股权投资的账面价值，同时增加或减少资本公积（其他资本公积）。税务处理：被投资企业其他权益变动不确认损失或所得，只有在处置时，才确认损失或所得。由于其他权益变动直接计入所有者权益，不影响会计利润，因此不需作纳税调整。
长期股权投资发生减值以及转让或处置，其会计与税务处理可参见成本法核算，长期股权投资处置时，会计上还应结转原计人资本公积中的相关金额，确认为当期损益。
