一、初始计量会计与税务处理差异
企业会计准则对长期股权投资的初始计量视取得投资方式有所区别，应当分别企业合并和非企业合并两种情况确定。
（一）非企业合并取得的长期股权投资
CAS 2规定，长期股权投资在取得时，应按初始投资成本入账；《企业所得税实施条例》（以下简称《条例》）规定，通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本。可见，以支付现金方式取得的长期股权投资的计税基础与初始成本一致。长期股权投资初始计量方面的差异主要体现在：以非现金资产交换方式取得的长期股权投资成本的确定。
会计处理：《企业会计准则第7号——非货币性资产交换》（CAS 7）规定，以非现金资产交换方式取得的长期股权投资的成本，应区分公允价值计量和成本模式两种情况确定。其中，在公允价值模式下，初始投资成本应以换出资产的公允价值为基础确定；如果有确凿证据表明换入资产的公允价值比换出资产的公允价值更加可靠。则以换人资产的公允价值为基础确定。在成本模式下，初始投资成本应当以换出资产账面价值为基础确定换人资产成本。
税务处理：《条例》规定，通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。理论上非现金资产交换是一种等价交换，公允价值不相等的通过补价解决，因此在公允价值模式下，长期股权投资的计税基础与初始成本一致：而在成本模式下，长期股权投资的计税基础是以换出资产的公允价值为基础确定，其初始投资成本是以换出资产的账面价值为基础确定，因而其计税基础与初始投资成本不同，产生暂时性差异。
另外，财税[2009]59号，企业股权收购、资产收购重组交易的税务处理，应区分不同条件分别适用一般性和特殊性税务处理规定：其一是特殊性税务处理，如果企业重组同时符合特殊性重组规定的五个条件，企业取得的股权或资产的计税基础，可以选择以被收购股权或被转让资产的原有计税基础确定，此时股权投资的计税基础与企业采用成本模式确定的投资成本一致。其二是适用一般性税务处理，如果企业重组不能同时满足特殊重组规定的条件，此时收购方确定的股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定，投资的计税基础与企业采用公允价值模式计量确定的投资成本一致。特殊性重组条件：（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；（2）被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合规定的比例；（3）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质经营活动；（4）重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定的比例；（5）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。其中，（2）和（4）所称符合规定的比例是指：股权收购交易中，被收购股权比例不低于被收购全部股权的75％，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85％；资产收购交易中，受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的75％，且受让企业在该资产收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85％。可见，企业重组形成的长期股权投资，税务处理中区分特殊性和一般性重组，会计处理中区分公允价值计量和成本模式。因此，在公允价值模式下，如果符合特殊性重组规定的条件，则长期股权投资的计税基础与初始成本不同，产生暂时性差异；年末汇算清缴时，对于会计处理中已确认的股权、资产转让所得和损失应进行纳税调整。在成本模式下，如果不符合特殊性重组规定的条件，则长期股权投资的计税基础与初始成本也不同，产生暂时性差异；年末汇算清缴时，对于会计处理中尚未确认的股权、资产转让所得和损失应进行纳税调整。
（二）企业合并形成的长期股权投资
企业合并应分别同一控制下控股合并与非同一控制下控股合并两种情形，确定长期股权投资的初始投资成本。
（1）同一控制下控股合并取得的长期股权投资。会计处理：《企业会计准则第2号——长期股权投资》规定，同一控制下的企业合并，应当在合并日按照取得被合并方所有者权益账面价值的份额作为长期股权投资投资成本，发生的直接相关税费计入“管理费用”。若合并前被合并方与合并方采用的会计政策不同的，应当按照合并方的会计政策对被合并方资产、负债的账面价值进行调整，在此基础上确定长期股权投资的初始投资成本。税务处理：《条例》规定，企业长期股权投资的计税基础，应当以为取得该项投资所付出的全部代价确定。企业实际发生的咨询费、评估费等在发生的当期据实申报扣除。因此，同一控制下的企业合并的初始投资成本与计税基础的差异，主要体现在被合并方合并时所有者权益账而价值的份额与实际付出代价之间的差异。
（2）非同一控制下的控股合并取得的长期股权投资。会汁处理：《企业会计准则第20号——企业合并》规定，非同一控制下的企业合并，购买方应当按照确定的企业合并成本作为长期股权投资的初始投资成本。其中，合并成本包括购买方为进行企业合并支付的现金或非现金资产、发行或承担的债务、发行的权益性证券等在购买日的公允价值以及企业合并中发生的各项直接费用。税务处理：所得税的处理方法不区分同一控制下与非同一控制下取得的长期股权投资。企业合并中实际发生的各项直接相关费用，会计处理中计入投资成本，而税法规定在发生的当期据实申报扣除。因此长期股权投资的计税基础与初始投资成本之间的差异，主要是企业合并时发生的各项直接相关费用。当然，如果企业合并满足特殊性重组条件，则还包括企业合并成本与合并时原持有的股权的计税基础之间的差异。
