1998年财政部发布了《企业基建业务有关会计处理办法》，标志着企业会计与基建会计的融合问题已基本解决。在企业会计中，基本建设工程项目款项的支付通过“工程物资”、“在建工程”、“应付工程款”、“预付工程款”等科目进行核算，有关基本建设工程项目贷款的利息按工程项目建设期间按发生的借款利息进行资本化，计人工程成本。2006年2月财政部先后发布了《企业会计准则——基本准则》、《企业会计准则第1号—存货》等38项具体准则，2006年11月财政部下发了《企业会计准则——应用指南》。新实行的一系列企业会计准则中对基本建设工程项目的核算有详细明确的规定，高校事业单位会计与基建会计一体化核算可以参考企业会计的做法，根据高等学校的具体情况设置相应的科目而进行。
（三）取消基建会计
2009年8月，财政部在发布的《高等学校会计制度（征求意见稿）》对高校事业单位会计和基建会计的合并进行了尝试，取消了基建会计，在高校事业单位会计的会计科目中增加了“在建工程”“基建工程”“基建拨款”、“本期结余——本期基建拨款结余”、“累计结余——基建拨款累计结余”科目，基建项目纳入“大账”核算，实现了资金集中统一管理。
三、高校事业单位会计与基建会计一体化核算的征求意见稿意见
（一）资产类科目核算
在原高校事业单位会计资产类科目下，增设一级会计科目“工程物资”科目，核算高等学校自己为基建工程准备的各种物资实际成本，本科目按物资种类明细核算。购买工程物资时，按照其采购成本，借记本科目，按实际支付或应付的金额，贷“银行存款”、“零余额账户用款额度”、“财政拨款”、“应付账款”、“应付票据”等科目。领用工程物资时，借记“在建工程”“基建工程”等科目，贷记本科目。本科目的余额为高等学校工程物资的实际成本。盘亏、报废、毁损的工程物资，减去保险公司、过失人赔偿部分后的差额，工程项目尚未完工的，计入所建工程项目的成本（即净损失由工程成本来承担）；如果工程项目已经完工，计入当期营业外支出。
（二）工程项目核算
由于正常原因造成的单项工程或单位工程报废或毁损，减去残料价值和过失人或保险公司等赔款后的净损失或净收益，如果工程项目尚未达到预定可使用状态的，计人或冲减继续施工的工程成本；如果工程项目已经达到预定可使用状态的，计人当期其他费用或其他收入。如为非正常原因（如地震、台风等）造成的报废或毁损，或在建工程项目全部报废或毁损，应将其净损失直接计人当期其他费用。
（三）借款核算
“短期借款”科目应设置“基建借款”，“其他借款”两个一级明细科目，并按贷款单位和具体贷款种类进行明细科目核算。目前，各类银行金融机构所提供的银行借款是按月计提利息并支付，到期归还本金，因此发生利息时，直接借记“在建工程”“基建工程——待摊费用”“财务费用”等科目，贷记“其他应付款”，实际支付利息时，借记“其他应付款”，贷记“银行存款”等利，目。在征求意见稿中，对于购建固定资产发生的专门借款利息，本着“准使用，谁负担”的原则进行分摊，根据应付利息，分两种情况处理，属于工程项目建设期间发生的，计人工程成本，予以资本化；属于工程完工交付使用后发生的，计人财务费用，予以费用化。此处未考虑问题包括：第一，没有考虑专门借款尚未动用时的闲置收入，借鉴企业会计准则，为购建或者生产符合资本化条件的资产而借入专门借款的，在借款费用资本化期间内，应当以专门借款当期实际发生的利息费用，减去将尚未动用的借款资金存入银行取得的利息收入或进行暂时性投资取得的投资收益后的金额确定，按闲置资金收益，借记“银行存款”“应收利息”等科目，按资本化期间总的利息，贷记“其他应付款”，按借贷方的差额，借记“在建工程”、“基建工程”等科目。第二，没有考虑如果用其他借款购建固定资产，发生的利息如何处理。第三，对于借款利息资本化的期间的确定如开始资本化、暂停资本化、停止资本化三个时间点的情形没有详细明确的规定。
高校事业单位会计和基建会计一体化，使两个不同体系的会计主体归为一体，建立了统一的会计主体和统一的高校会计体系，适应了财政管理体制改革的必然要求，有利于真实地、准确地、完整地反映高等学校的财务状况，从而提高会计信息质量，为高校管理层进行决策提供了有力的依据。
