目前，高等学校经济活动的核算被人为地划分为两个会计主体。高等学校开展日常业务过程中教学、科研、行政、后勤等各方面收入、支出的发生及资产、负债和净资产的增减变动的核算遵循《高等学校会计制度》，而有关为保证教学、科研等各面正常进行而开展的基本建设的投入、完成和使用核算遵循《国有建设建设会计》，这样造成了高等学校作为一个经济主体，使用两套会计准则、两种会计科目、两套财务核算账套、两种会计报表的情况。两个会计主体分别核算自身发生的经济业务，反映的都只是高等学校经济活动的一个侧面，而整个高校国有资产的情况并不是二者简单的汇总加和可以全面、完整、系统地反映的，这样既不便于上级主管部门的管理，又不利于高校内部财务管理和财务决策。
（二）具体会计核算没有明确规定
高校在大规模扩招以前，基本建设投入较少，主要由上级财政拨款，事业单位会计与基建会计之间相对独立，联系较少。但随着市场经济的确立和高校体制改革的逐步深入，各高校为了抢抓机遇，扩大招生规模、纷纷加大基建资金的投入力度，基建资金来源有了财政拨款、学校白筹、银行贷款、捐款、外来投资等多种形式。多种形式基建资金的使用核算并没有明确的规定，如银行贷款。银行贷款是以高校为主题，以事业单位财务报表为根据进行的资金筹措方式，而有关本金的归还和相应利息的支付，还没有明确的规定。由于没有明确的会计核算规定，各高校做法不一。有的高校将银行贷款反映在基建会计的“基建投资借款”科目下，利息的支付反映在“待摊投资一利息支出”科目下，而在事业单位会计中并没有贷款本金和利息的有关信息。有的高校将银行贷款反映在事业单位会计中，在“借入款项”科目中核算作为流动负债，然后将贷款本金和利息的支付通过“应收及暂付款”科目转入基建会计，事业单位会计将往来款项作流动资产长期地挂账，基建会计将转入的银行贷款在“基建投资拨款”科目下处理，这部分资金将陆续被用于支付工程项目的款项，在“建筑安装投资”、“待摊投资”等科目中核算。而用银行贷款建设的资产完工或交付使用形成固定资产如何核算也没有明确的规定。
（三）会计信息无法满足信息使用者需求
高校会计作为反映和监督高校整个经济活动的工具，其主要目的是向信息使用者及时地提供全面、完整、系统的财务信息。随着高校事业单位的发展，办学形式的多样化，资产来源渠道的拓宽，会计信息使用者对高校财务报告提出了更高的要求。由于往来款项长期挂账、两套账表之间存在着科目差异、核算方式和口径不同等，造成会计信息的制度性失真与技术失真，重复核算现象严重，不利于会计报表使用者理解。由于工程项目建设期长，往往要跨年度，因此，基建资金来源于银行贷款的高校，在较长的时期里，资产负债表中会有大额的应收及暂存款，而该部分资产在基建会计报表中又以银行存款、建筑安装投资等形式存在。两账分离，虚增了资产，易造成使用者的误解。基建项目形成的固定资产，在未办交付使用手续之前，高校事业单位会计是不做固定资产增加处理的。在实际工作中，基建项目建成使用和资产登记之间往往是不一致的。在有些固定资产管理不严的高校，基建项目建成并使用多年，各项投资费用并没有按照规定结转、分摊，归集出资产的成本，因此在高校事业单位会计中的固定资产账未能准确反映，造成学校事业单位会计固定资产账面价值与实际资产价值不符，资产信息严重失真，不利于银行对高校偿债能力和信用等级的评估。这些信息的失真，使高校决策者无法全面、准确、完整地理解高校当前的经济运行情况，容易导致重大经济决策失误。
二、高校事业单位会计与基建会计一体化核算的可行性
（一）符合高校财政预算改革
自2000年以来，财政部对预算会计进行了一系列的改革，包括部门预算改革即一个部门一本预算，划分“基本支出”和“项目支出”；国库集中收付即通过国库单一账户体系中的5个银行账户对财政性资金进行收付，划分财政直接支付和财政授权支付；政府集中采购即使用财政性资金采购依法制定的集中采购目录以内的或者采购限额标准以上的货物、工程和服务，和国库单一账户一起改变了资金的流向；政府收支分类即将政府收支分为收入分类和支出分类，而支出分类包括功能分类和经济分类，收入分类主要反映政府收入的来源和性质，支出功能分类主要反映政府活动的不同功能和政策目标，支出经济分类主要反映政府支出的经济性质和具体用途。这一系列的财政预算改革规范了财政性资金的管理和监督，强化了高校内部财务管理，但也给基本建设拨款支付与核算带来许多新问题。按照部门预算制度的规定，事业单位单位应该按照大收大支的原则编制部门预算，对所有的收入和支出统一管理。国库集中支付制度规定不准由零余额账户向分校、校医院、设备处和基建处等二级核算转拨资金，一个预算只能设置一个零余额账户，因此事业单位经费与基建投资两个不同的核算体系的拨款只能在同一个零余额账户进行管理，人为增加了财政和银行有关账户核算的难度。政府收支分类将事业单位经费和基建拨款划归到相应的支出功能分类科目进行核算，也增加了财政性资金和银行账户核算的难度。
