如果非居民企业居住国与我国签订了双边税收协定，则非居民企业来源于我国境内的所得可以适用比国内法更优惠的税收协定条款来缴税。但是，两类所得适用的协定条款不同。对于来源于我国境内的劳务所得和承包工程作业所得，适用协定的常设机构条款和营业利润条款。也就是说，对于非居民企业取得的来源于我国的此类积极所得，税收协定都称之为营业利润，我国对营业利润征税的前提是对方在我国设立常设机构，所以，判定是否构成常设机构成为我国对这类积极所得有无征税权的关键。
而对非居民企业来源于我国境内的股息、红利、利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得以及其他所得，分别适用于协定的股息条款、利息条款、特许权使用费条款、财产收益条款。这里应注意，非居民企业取得来源于我国的租金并没有专门的租赁条款，而是一并适用特许权使用费条款。一般来说，对这类消极所得，协定规定缔约国双方都有课税权，所以不存在征税权的判定问题。这与营业利润条款的征税规则截然不同。
享受税收协定待遇的备案手续有别于审批手续
非居民企业取得来源于我国境内的所得，需要享受税收协定待遇的，应依据《非居民享受税收协定待遇管理办法（试行）》（国税发[2009]124号）的规定，办理相应的审批或备案手续，否则不得享受有关协定待遇。
根据国税发[2009]124号文件的要求，非居民企业来源于我国境内的劳务所得和承包工程作业所得，如果对方在我国不构成常设机构，对这类积极所得需要享受税收协定免税待遇的，非居民企业要按规定进行备案，并提交《非居民享受税收协定待遇备案报告表》、税收居民身份证明以及税务机关要求的其他资料。
而对非居民企业来源于我国境内的股息、红利、利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得以及其他所得，需要享受税收协定优惠税率的，非居民企业要按规定提出审批申请，并提交《非居民享受税收协定待遇审批申请表》，《非居民享受税收协定待遇身份信息报告表》，税收居民身份证明，与取得所得相关的产权书据、合同、协议、支付凭证等权属证明或者中介、公证机构出具的相关证明以及税务机关要求的其他资料。
