国家税务总局为了规范非居民企业所得税管理，出台了一系列针对非居民企业的税收政策，将非居民来源于我国的所得大体分为两大类：积极所得和消极所得。积极所得，主要表现为来我国设立机构、场所从事经营活动而取得的所得，具体包括提供劳务所得和承包工程作业所得。消极所得，主要表现为在我国境内未设立机构、场所，但有来源于我国境内的所得，具体包括股息、红利、利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得或其他所得。按照现行非居民企业涉税政策规定，两类所得的课税规则完全不同，实际操作中要注意分清两类所得。
企业所得税有别于预提所得税
根据《企业所得税法》的规定，非居民企业来源于我国境内的劳务所得和承包工程作业所得，我国有权征收企业所得税，适用税率为25%.非居民企业来源于我国境内的股息、红利、利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得以及其他所得，我国有权征收企业所得税，基本税率为20%。《企业所得税法实施条例》进一步规定，非居民企业来源于我国境内的股息、红利、利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得以及其他所得减按10%的税率征收所得税，实行源泉扣缴方式，又称预提所得税。
实务中会遇到这样的问题：我国某公司支付给境外公司的佣金要不要缴税？怎么缴税？首先，对支付给境外公司的佣金不能按10%的税率征收预提所得税，因为佣金是提供劳务而获得的报酬，属于积极所得，应适用25%的企业所得税率。其次，能否按25%的税率征收企业所得税还须结合劳务发生地和税收协定，看是否构成常设机构来判定。
汇算清缴有别于源泉扣缴
根据《非居民企业所得税汇算清缴管理办法》（国税发[2009]6号）、《非居民企业所得税汇算清缴工作规程》（国税发[2009]11号）和《非居民承包工程作业和提供劳务税收管理暂行办法》（国家税务总局令第19号）的规定，对非居民企业来源于我国境内的劳务所得和承包工程作业所得这类积极所得征收企业所得税的管理，类同于我国居民企业的管理，实行按纳税年度计算、分季度预缴、年终汇算清缴，并在工程项目完工或劳务合同履行完毕后结清税款的管理办法。该类非居民企业进行企业所得税纳税申报时，应当如实报送纳税申报表，并附送税法要求的相关资料。
而对非居民企业来源于我国境内的股息、红利、利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得以及其他所得，根据《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》（国税发[2009]3号）的规定，我国征收企业所得税时，实行源泉扣缴，以支付相关款项义务的单位或个人为扣缴义务人，从支付或到期应支付（未实际支付但已计入成本费用）的款项中扣缴企业所得税。
应纳税所得额的计算规定不同
非居民企业来源于我国境内的劳务所得和承包工程作业所得有据实征收和核定征收两种方式。《非居民企业所得税核定征收管理办法》（国税发[2010]19号）规定，非居民企业设置有完整的账簿，能准确计算应纳税所得额的，应据实申报纳税。若会计账簿不健全等原因不能准确计算应纳税所得额的，采取收入总额核定法、成本费用核定法、经费支出换算法核定征收。
《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》（国税发[2009]3号）对消极所得应纳税所得额的计算作出了明确的规定，对于非居民企业来源于我国的股息、红利、利息、租金、特许权使用费所得，不得扣除税费支出，以收入全额为应纳税所得额；对于非居民企业来源于我国的转让财产所得，以收入全额减除财产净值后的余额为应纳税所得额；消极所得以实际征收率作为扣缴税率（10%或协定税率）。当然，如果境内企业与非居民企业签订合同时，凡合同中约定由境内企业负担应纳税款的，应将非居民企业取得的不含税所得换算为含税所得后计算征税。
税务登记要求不同
对于非居民企业来源于我国境内的劳务所得和承包工程作业所得，《非居民承包工程作业和提供劳务税收管理暂行办法》（国家税务总局令第19号）要求强化这类积极所得的登记管理，具体包括非居民企业自身的税务登记（含合同签订时的税务登记和项目完工登记）、扣缴义务人的税务登记以及发包人的税务登记。
对于非居民企业只取得来源于我国的消极所得，不需要向税务机关办理税务登记手续。
但是，扣缴义务人与非居民企业首次签订与股息、红利、利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得以及其他所得有关合同的，扣缴义务人应向主管税务机关申报办理扣缴税款登记，如果合同有修改、补充、延期的，应向其主管税务机关报送《扣缴企业所得税合同备案登记表》等资料。需要注意的是，股权转让交易双方均为非居民企业且在境外交易的，被转让股权的境内企业在依法变更税务登记时，应将股权转让合同复印件报送主管税务机关。
