建筑企业异地施工，其组织形式多种多样，既有实行总分机构体制，也存在不实行总分机构体制，或上述体制混合模式等等。
国税函[2010]39号在坚持法人所得税制原则下，只考虑实行总分机构体制的建筑企业的征管方式。但如果建筑企业不实行总分机构体制的形式，按国税函[2010]39号政策实施，地方税源利益诉求将无法得到满足。例如，某建筑企业所在地为北京，在武汉、杭州、上海设立总部直接管理的跨地区设立的项目部，按法人所得税制原则都将汇总到总部纳税。异地项目部所得税没有任何税源，但异地项目部在当地施工，所得来源于异地，必然会享受或消耗当地的公共资源。从财政平衡角度来说显然是不公平的。真是考虑了建筑企业组织的多样性和地方税源利益诉求。2010年4月19日国家税务总局又发布了《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函[2010]156号）文，对建筑企业异地施工的所得税管理模式进行了调整和补充。
（一）坚持法人所得税制原则下，对征管方式作出调整。
1、国税函[2010]156号重申国税函[2010]39号中关于实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业需要就地预缴企业所得税的规定：
实行总分机构体制的跨地区经营建筑企业应严格执行国税发[2008]28号文件规定，按照“统一计算，分级管理，就地预缴，汇总清算，财政调库”的办法计算缴纳企业所得税。
因此，企业所得税法人税制仍是建筑企业跨地区经营企业所得税征收管理所需遵循的基本精神。
2、规定了总机构直接管理的跨地区设立的项目部预缴比例和方式。
国税函[2010]156号规定：建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
例如，某建筑企业总公司设在北京，并在上海、杭州设有分公司（假设符合二级分支机构的条件）。总机构派出项目部在成都施工，上海分公司派出项目部在宁波施工，杭州分公司派出项目部在广州施工。（假设成都、宁波、和广州的项目部都不属于二级分支机构）
按国税函[2010]39号规定，成都项目部的收入、费用、资产应纳入总机构统一计算，宁波项目部应纳入上海分公司统一计算，广州项目经理部应纳入杭州分公司统一计算，最后再按照国税发[2008]28号文件进行操作。因此，该企业虽然在成都、宁波、和广州设立了项目部，但是并不需要就地预缴企业所得税。
但根据国税函[2010]156号规定，成都项目部属于总机构直接管理的跨地区设立的，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
同时，国税函[2010]156号为了消除原有政策下，建筑企业重复纳税问题，也规定的建筑企业预缴和汇算清缴的相关规定。
建筑企业总机构应汇总计算企业应纳所得税，按照以下方法进行预缴：
（1）总机构只设跨地区项目部的，扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳；
（2）总机构只设二级分支机构的，按照国税发[2008]28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款；
（3）总机构既有直接管理的跨地区项目部，又有跨地区二级分支机构的，先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按照国税发[2008]28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款。
对建筑企业汇算清缴，作出如下规定：
建筑企业总机构应按照有关规定办理企业所得税年度汇算清缴，各分支机构和项目部不进行汇算清缴。总机构年终汇算清缴后应纳所得税额小于已预缴的税款时，由总机构主管税务机关办理退税或抵扣以后年度的应缴企业所得税。
同时，建筑企业总机构在办理企业所得税预缴和汇算清缴时，应附送其所直接管理的跨地区经营项目部就地预缴税款的完税证明。
笔者认为认可第二种观点的纳税人，是从政策本身规范角度处理来分析的，国税函[2010]156号的确对国税函[2010]39号有关规定进行补充和完善，有利于建筑企业税收征管的实施。
四、小结
通过上述两种观点的分析，笔者认为建筑企业跨地区经营企业所得税征收管理的政策市应该是明确的，不存在矛盾之处，只是规范和现实的差距。笔者总结如下：
第一，如果各地税务机关严格按国税函[2010]39号和国税函[2010]156号是不会产生所得税重复纳税问题的，持第一种观点的纳税人可以消除顾虑；
第二，现实税收征管中，由于税源争夺，国税函[2010]156号执行效果必要受到质疑，持第二种观点消除重复征税的愿望也很难实现；
第三，建筑企业为消除重复征税，应积极与当地税务机关沟通，争取合法保护自身利益。沟通的事项包括，筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，异地预交的所得税，回机构所在地税务机关会是否承认，是否可以作为已纳数。如果整个企业年终汇算时亏损，你在外地缴纳的企业所得税，机构所在地税务机关是否能办理退税等等。
