由于建筑施工项目的异地性和区域性特点，建筑施工企业重复纳税问题一直是企业头痛和烦恼的事项。2010年国家税务总局先后发布了《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》（国税函[2010]39号）和《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函[2010]156号）两个文件，对建筑企业的所得税征管问题进行了规范。但由于规范和现状的巨大差距，纳税人和税务机关的不同解读，引起了不小的争议。
一、争议的焦点
国税函[2010]39号文第二条的规定为：“建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发[2008]28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。”
但国税函[2010]156号文第三条规定：“建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。”
第一种观点认为国税函[2010]39号文可以解读为建筑企业总机构跨地区设立的项目部，如不符合二级分支机构的条件，应汇总到总机构来缴纳，但为何国税函[2010]156号规定，总机构直接管理的跨地区设立的项目部需预分企业所得税，并就地预缴。两种存在着矛盾和冲突，让纳税人无法处理。
第二种观点认为，国税函[2010]156号只是对建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部进行特殊规定，更有利税收征管，是对国税函[2010]39号的补充和完善。
二、第一种观点分析
建筑行业跨地区施工行为非常普遍的特殊行业。即在当地注册成立的建筑企业往往主要是在异地进行生产经营活动，企业所得来源于异地。由于税收征管的区域性，税务机关为争夺税源，导致了建筑企业重复纳税情况严重。在新企业所得税法实施以前，国家税务总局1995年出台了《国家税务总局关于建筑安装企业所得税纳税地点问题的通知》（国税发[1995]227号），明确了建筑企业的纳税地点问题，即建筑安装企业离开工商登记注册地或经营管理所在地到本县（区）以外地区施工的，应向其所在地的主管税务机关申请开具外出经营活动税收管理证明，其经营所得，由所在地主管税务机关一并计征所得税。否则，其经营所得由企业项目施工地主管税务机关就地征收所得税。但是，由于各地对于税源的争夺，这一规定在实践中一直没有得到有效的执行。有的税务机关自行规定在开具外出经营证时提前预征税款，有的经营地税务机关也采取按收入比例征收税款，致使企业两头纳税，导致重复纳税现在严重。重复征税，成为建筑企业难以治愈的伤痛。纳税人往往带着这个伤痛来看待有关有关建筑企业征税的新政策，触动着其敏感神经。此次，国税函[2010]39号和国税函[2010]156号新政策的实施，也不另外。
国税函[2010]39号明确规定，实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业应严格执行《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）规定，按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的办法计算缴纳企业所得税。建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发[2008]28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。文件重申了税收执法纪律，各地税务机关自行制定的与本通知相抵触的征管文件，一律停止执行并予以纠正；对按照规定不应就地预缴而征收了企业所得税的，要及时将税款返还给企业。未按本通知要求进行纠正的，税务总局将按照执法责任制的有关规定严肃处理。
从国税函[2010]39号来看，跨地区经营的建筑企业所得税的征收不再和外出经营证明相挂钩，对异地施工建筑企业必须严格地执行国税发[2008]28号文件来执行。建筑企业如不实行总分机构体制，由建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目经理部，应当根据国税函[2010]39号文的规定，将所得汇总到总机构计算，不需要在项目所在地就地预缴企业所得税。体现了企业所得税法人税制原则，如严格执行，消除重复征收不再是奢望。有人将此成为“建筑企业沐浴在法人税制的阳光里”，捍卫了纳税人的合法权益。
当国税函[2010]156号文第三条规定：“建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。”该规定再一次触动了不少纳税人痛楚的敏感神经，产生了不少疑问：按项目实际经营收入的0.2%预缴，如果项目亏损或者项目真正的盈利所应纳的所得税金额比预缴数还少怎么办；总机构年终汇算清缴后应纳所得税额小于已预缴的税款时，由总机构主管税务机关办理退税或抵扣以后年度的应缴企业所得税。主管税务机关能同意退税或递减吗；在外地缴了税，回机构所在地退税，怎么可能呢？……
存在上述想法的纳税人，显然会形成第一种观点，认为国税函与国税函[2010]156号对总机构直接管理的跨地区设立的项目部企业所得税征管规定，有着不同的理解和处理方式。两种存在矛盾和冲突，让纳税人无法处理。
笔者认为认可第一种观点的纳税人，带着痛苦的记忆，从政策字面含义，联想到残酷的征纳现实，得出上述观点是合乎逻辑的。
