第三种优惠和第二种优惠的共同之处在于，都是只适用于依据新税法进行认定的高新技术企业。第三种优惠与第一种优惠虽然都具有过渡色彩，但却有本质区别。第一种优惠适用于新所得税法公布前设立的老高新技术企业，第三种优惠适用于新所得税法实施后成立的新高新技术企业。HBCC公司享受的是第一种优惠，不是第二种优惠，更不可能是第三种优惠。
三、争议：享受第一种优惠的高新技术企业到底要不要重新认定？
国税函[2009]203号文件的全称是《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》，该文件第四条要求，“认定（复审）合格的高新技术企业，自认定（复审）批准的有效期当年开始，可申请享受企业所得税优惠。企业取得省、自治区、直辖市、计划单列市高新技术企业认定管理机构颁发的高新技术企业证书后，可持高新技术企业证书及其复印件和有关资料，向主管税务机关申请办理减免税手续。手续办理完毕后，高新技术企业可按15%的税率进行所得税预缴申报或享受过渡性税收优惠。”从表面上来看，对HBCC公司最具“杀伤力”的就是这条规定。按照HBCC公司税收专管员的解释，HBCC公司只有按照该条规定，取得新的“高新技术企业证书”才可以继续享受尚未期满的过渡性优惠。但笔者认为，该文件第四条强调的经过认定才可以享受的明显是本文讨论的第二种“15%的优惠税率”和第三种“过渡性税收优惠”，而绝不是国发[2007]39号文件规定的“企业所得税过渡优惠政策”，显然，第二种优惠和第三种优惠与HBCC公司根本就没有关系，HBCC公司根本不会也不应该受到国税函[2009]203号第四条的约束。
可能会有人提出质疑，国税函[2009]203号第二条规定，“原依法享受企业所得税定期减免税优惠尚未期满同时符合本通知第一条规定条件的高新技术企业，根据《高新技术企业认定管理办法》以及《科学技术部财政部国家税务总局关于印发〈高新技术企业认定管理工作指引〉的通知》（国科发火[2008]362号）的相关规定，在按照新标准取得认定机构颁发的高新技术企业资格证书之后，可以在2008年1月1日后，享受对尚未到期的定期减免税优惠执行到期满的过渡政策。”笔者认为，这个规定其实是指“原依法享受企业所得税定期减免税优惠尚未期满”的那部分纳税人如果通过了新税法下的高新技术企业认定，不一定非得享受15%的优惠税率，而是仍可以继续享受原企业所得税定期减免税优惠至期满，因为享受这部分优惠比高新技术企业的15%优惠税率要划算，所以并不会因为获得了新的高新技术企业认定就剥夺了这部分纳税人享受原有优惠的机会，也绝不是要求这些企业必须获得高新认定后才可以继续享受原企业所得税定期减免税优惠。
同样的道理，国税函[2009]203号第三条还规定，“2006年1月1日至2007年3月16日期间成立，截止到2007年年底仍未获利（弥补完以前年度亏损后应纳税所得额为零）的高新技术企业，根据《高新技术企业认定管理办法》以及《高新技术企业认定管理工作指引》的相关规定，按照新标准取得认定机构颁发的高新技术企业证书后，可依据企业所得税法第五十七条的规定，免税期限自2008年1月1日起计算。”对该条规定，也不可误解为这些老高新技术企业必须依据新税法认定后才可以享受原过渡优惠政策，该规定是指这些老高新企业如果获得了新税法下的高新技术企业资格，也不必非得按照新税法享受15%的优惠税率，而依然可以选择适用对自身更有利的原过渡优惠政策（两年免税）。
国税函[2009]203号第二条、第三条之所以要做出上述规定，是因为这两条对应的是本文总结归纳的第一种优惠即“企业所得税过渡优惠政策”，而这种优惠与新企业所得税法下的“高新技术企业15%的优惠税率”存在一定交叉，应当允许企业自行选择对自身最有利的优惠政策。
上述分析充分说明，按照国发[2007]39号文享受企业所得税过渡优惠政策的高新技术企业根本不需要重新认定即可在其高新技术企业资格证书有效期内享受过渡优惠政策至期满。HBCC公司的原高新资格证书在2008年度是有效的，2009年6月才告失效，因此，HBCC公司可以于2008年度享受原过渡优惠政策，2009年度无法享受该优惠。
据笔者了解的情况，HBCC公司已经按照25%的税率完成了2008年度企业所得税汇算清缴，但是争议却一直没有停止，和HBCC公司有类似遭遇的企业在北京市中关村科技园区还有许多。HBCC公司已经依法向国家税务总局申请信息公开，以明确有关政策适用问题。
