新《营业税暂行条例》规定，纳税人将建筑工程分包给其他单位的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额为营业额。在营业税计税依据的扣除上，《营业税暂行条例》第六条明确规定：“取得的凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，该项目金额不得扣除。”所称符合国务院税务主管部门有关规定的凭证是指：（一）支付给境内单位或者个人的款项，且该单位或者个人发生的行为属于营业税或者增值税征收范围的，以该单位或者个人开具的发票为合法有效凭证；（二）支付的行政事业性收费或者政府性基金，以开具的财政票据为合法有效凭证；（三）支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务机关对签收单据有疑义的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明；（四）国家税务总局规定的其他合法有效凭证。也就是说，工程总承包人应当以分包人或转包人提供的发票作为其营业额扣除的依据，不能提供发票的，分包或转包额应当组成总承包人的营业税计税依据，并且总承包人应为营业税纳税义务人。
四、工程总承包人全额纳税后，分包人或转包人仍应当就分包或转包收入缴纳营业税或增值税
未提供分包人或转包人发票的工程总承包人应全额申报缴纳营业税，但总承包人的纳税并不能抵销分包人或转包人的应纳税款。提供建筑劳务的分包人或转包人仍应按营业税法规定，就其提供建筑业应税劳务所收取的全部价款和价外费用依法申报缴纳营业税。这与总承包人缴纳的营业税没有关系。
五、建安企业外购设备计征营业税时，不允许从计税营业额中扣除
原政策即《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）规定：“通信线路工程和输送管道工程所使用的电缆、光缆和构成管道工程主体的防腐管段、管件（弯头、三通、冷弯管、绝缘接头）、清管器、收发球筒、机泵、加热炉、金属容器等物品均属于设备，其价值不包括在工程的计税营业额中。其他建筑安装工程的计税营业额也不应包括设备价值，具体设备名单可由省级地方税务机关根据各自实际情况列举。”也就是说，对列举范畴内的设备，不论是由建设方提供的还是由施工企业购买的，均不组成承包人营业税的计税营业额。而新的《营业税暂行条例实施细则》第十六条明确规定，只有建设方提供的设备的价款不征收营业税。由施工方提供外购设备的，属于混合销售行为，应根据《营业税暂行条例实施细则》第六条的规定来处理。
六、预收工程款发生纳税义务
对于建筑安装业的纳税义务发生时间，财税主管部门先后下发过两个文件进行明确：一个是《国家税务总局关于营业税若干征税问题的通知》（国税发[1994]第159号），另一个是《财政部、国家税务总局关于建筑业营业税若干政策问题的通知》（财税[2006]177号）。财税[2006]177号文规定，建筑安装合同中明确规定付款（包括提供原材料、动力和其他物资，不含预收工程价款）日期的，按合同规定的付款日期作为营业税纳税义务发生时间。对预收工程价款，其纳税义务发生时间为工程开工后，主管税务机关根据工程形象进度按月确定的纳税义务发生时间。而新《营业税暂行条例实施细则》第二十五条规定：“纳税人提供建筑业或者租赁业劳务，采取预收款方式的，其纳税义务发生时间为收到预收款的当天。”即从2009年1月1日起，建筑施工企业尚未开工时收到的预收款项以及开工后收到的预收工程款，在收到的当天即发生纳税义务。
