（一）风险评估导向不同
在传统风险导向审计下审计人员首先应当对财务报表整体层次和交易类别、账户余额认定层次的固有风险进行评估，但由于固有风险和控制风险都受企业内外部环境的影响，两者很难区分，因此审计人员通常难以对固有风险单独做出准确评估。因此在实务中，传统风险导向审计实际上是以对控制风险进行的评估为切入点的，所以传统风险导向审计是以控制风险为导向的。现代风险导向审计强调：审计人员的审计风险主要来源于企业财务报表的错报风险，而企业财务报表的错报风险则主要来源于整个企业的战略管理风险和经营活动风险。所以要充分理解审计风险，审计人员就必须从企业的战略分析入手，充分识别企业内、外部风险并理解内外部风险对财务报表认定的影响。因此，现代风险导向审计是以战略经营风险为导向的。
（二）风险评估程序不同
传统风险导向审计风险评估的基本程序可表示为：固有风险评估一了解被审计单位的内部控制结构－控制风险初步评估－控制测试（可选）－控制风险综合评估－确定检查风险。现代风险导向审计审计人员首先需要对客户的战略进行分析，分析时需要对客户的内外部环境进行了解，包括客户行业状况、监管环境以及其他外部因素（宏观经济环境等）；被审计单位的目标、战略以及面临的经营风险；企业对威胁企业战略的风险做出的反应等。对客户的战略进行分析后即可对战略风险做出评估。
（三）风险评估方式不同
传统风险导向审计的风险评估是一种直接的方式，即直接评估重大错报的概率。现代风险导向审计模式是从经营风险评估入手，间接地对审计风险进行评估，因为经营风险越高，审计风险也越大，也就是管理舞弊的可能性越大；并且从经营风险中能更有效地发现财务报表潜在的重大错报，因为财务报表是经营的反映，如果经营风险未能在报表中得到体现，则财务报表很可能失真。此外，会计政策、会计估计的合理性评估也只有从经营风险人手，才能进行正确的评估。
（四）审计程序实施具有个性化
传统风险导向审计模式审计程序是标准化形式，对不同的被审计单位都使用标准相同的审计程序，其缺陷是没有足够贯彻风险导向审计思想，使注册会计师无法突破客户预先设置难以做出正确的审计结论。现代风险导向审计方法要求注册会计师将评估及识别的审计风险与实施的审计程序相结合，针对不同的风险领域实施个性化的审计程序。
（五）审计证据的内涵及内部控制要素的扩充
在现代风险导向审计方式下，审计重心向风险评估转移，审计证据也由内部向外部转移。因此，注册会计师必须充分了解企业整体经营环境，由此评估客户的经营及审计风险，同时必须从外部取得大量的外部证据来证明风险评估的恰当性。风险导向审计模式下，注册会计师形成审计结论所依据的审计证据不仅包括实施控制测试和实质性测试获取的证据，还包括了解企业及其环境获取的证据。传统风险导向审计方法下的内部控制是指被审计单位为了保证业务活动的有效进行，保护资产的安全和完整，发现、纠正错误与防止舞弊，保证会计资料的真实、合法、完整而制定和实施的政策与程序。内部控制要素包括控制环境、会计系统和控制程序。现代风险导向审计方法下的内部控制是指被审计单位为了合理保证财务报告的可靠性、经营的效率和效果以及对法律法规的遵循，由治理当局、管理当局和其他人员设计和执行的政策和程序。内部控制的三要素扩充为五要素，即控制环境、被审计单位的风险评估过程、与财务报告相关的信息系统和沟通、控制活动和对控制的监督。
（六）强调注册会计师的专业知识
现代风险导向审计对注册会计师的专业素质提出更高要求，其重心从会计、审计知识转向管理和行业知识。现代风险导向审计下审计结果主要依赖风险评估，风险评估的各种分析方法要求掌握现代管理知识和行业知识（包括市场、研发、生产等方面），这对注册会计师提出了更高的要求。注册会计师应该是复合性人才，不但要掌握一般常用分析工具，还要接受现代管理知识和行业专业知识训练。
