国税函[2009]698号文明确要求，扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务的，非居民企业应自合同、协议约定的股权转让之日（如果转让方提前取得股权转让收入的，应自实际取得股权转让收入之日）起7日内，到被转让股权的中国居民企业所在地负责该居民企业所得税征管的主管税务机关申报缴纳企业所得税，非居民企业未按期如实申报的，依照税收征管法的有关规定处理。
《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》（国税发[2009]3号）规定，扣缴义务人未按照规定办理扣缴税款登记的，主管税务机关应当按照《税务登记管理办法》第四十五条、四十六条的规定处理。即扣缴义务人未按照规定办理扣缴税款登记的，税务机关应当自发现之日起3日内责令其限期改正，并可处以2000元以下的罚款；纳税人、扣缴义务人违反《税务登记管理办法》规定，拒不接受税务机关处理的，税务机关可以收缴其发票或者停止向其发售发票。
此外，《非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法》（国税发[2009]3号）还规定，扣缴义务人未按规定的期限向主管税务机关报送《扣缴企业所得税合同备案登记表》、合同复印件及相关资料的，未按规定期限向主管税务机关报送扣缴表的。未履行扣缴义务不缴或者少缴已扣税款的、或者应扣未扣税款的，非居民企业未按规定期限申报纳税的、不缴或者少缴应纳税款的，主管税务机关应当按照《税收征管法》及其实施细则的有关规定处理。对于扣缴义务人未履行扣缴义务不缴或者少缴已扣税款的、或者应扣未扣税款的，《税收征管法》规定，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
[例]境外投资者A为非居民企业，于2008年1月投人中国居民企业B公司美元现汇210万美元，投入当期美元对人民币汇率为1：7.8087，同年6月投入B公司欧元现汇50万欧元，投入当期欧元对人民币汇率为1:10.4999；2008年10月投入港币现汇250万元，投入当期港币对人民币汇率为1:0.9683。该公司经审验后的注册资本折合人民币金额是210×7.8087+50×10.4999×250×0.9683，即2406.90万元。2010年1月投资者A公司将该股权转让给境内投资者C，其转让价款为人民币6000万元，当时美元对人民币的汇率为1:6.285。
由于投资者A首次投入资本时的币种为美元。则股权转让价和股权成本价以美元计算，首先考虑将不同期间的欧元、港币外汇折算为美元的汇率。
2008年6月欧元兑美元汇率=770.55/1049.99≈0.7339
2008年10月美元兑港币汇率=751.08/96.83≈7.7567
2009年12月美元兑人民币汇率=6.8285
计算股权转让价=6000万人民币／6.8285=878.67（万美元）
股权转让成本：第一次为210万美元，第二次为68.13万美元（50万欧元／0.7339），第三次为32.23万美元（250万欧元／7.7567），合计为310.36万美元。
股权转让所得=878.67-310.36=568.31（万美元）
股权转让应纳所得税=568.31万美元×100%×6.8285=388.07（万元）人民币
