非居民股东因经营决策或其他原因转让其持有的境内居民企业的股权时，即产生了非居民企业股权转让所得企业所得税纳税义务。为防范税收流失，维护国家税收主权，规范非居民企业所得税源泉扣缴管理，国家税务总局制定了《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）。
一、非居民企业转让居民企业股权的内涵及适用税率
《企业所得税法》规定，非居民企业在中国境内设立机构、场所的，应当就其所设机构、场所取得的来源于中国境内的所得，以及发生在中国境外但与其所设机构、场所有实际联系的所得，缴纳企业所得税；非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。《企业所得税法实施细则》第七条规定：权益性投资资产转让所得按照被投资企业所在地确定来源于中国境内、境外的所得；股息、红利等权益性投资所得按照分配所得的企业所在地来确定来源于中国境内、境外的所得。国税函[2009]698号文明确规定，本通知所称股权转让所得是指非居民企业转让中国居民企业的股权（不包括在公开的证券市场买入并卖出中国居民企业的股票）所取得的所得。
《企业所得税法》规定，非居民企业取得所得适用税率为20%。实施细则第九十一条则明确，非居民企业取得的所得，减按10%的税率征收企业所得税。即一般境外企业转让我国企业股权或者取得我国企业的股息分配，均需要缴纳10%的企业所得税。但如果该非居民企业是属于与我国签订了税收协定或安排的国家或地区的居民企业，则可享受税收协定优惠规定。如香港的居民企业转让其拥有的内地居民企业的股权，按照内地与香港签订的税收安排，如果该香港居民企业所持的内地居民企业的股权比例低于25%的，在内地无需缴纳股权转让所得企业所得税。非居民企业如果想享受上述税收协定优惠待遇的，需先到主管税务机关申请协定待遇，经税务机关审核同意后方可享受，否则必须严格按照国内税法规定缴纳企业所得税。
二、股权转让所得的确定
股权转让所得是股权转让价和股权成本价之间的差额。股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币性资产或者权益等形式的金额。如被投资企业有未能分配的利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。计算股权转让价时，如被持股企业有术分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，自2008年1月1日起不得从股权转让价中扣除。
计算股权转让所得时，如非居民向境内投资或转让股权时以人民币以外的币种计价的，应以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权成本价。如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权转让价和股权成本价，以加权平均法计算股权成本价；多次投资时币种不一致的，则应按照每次投入资本当日的汇率换算成首次投资时的币种。
三、股权转让所得税的缴纳
按照企业所得税法规定，对非居民企业在我国境内取得股权转让所得应缴纳的企业所得税，实行源泉扣缴，以依照有关法规规定或者合同约定对非居民企业直接负有支付相关款项义务的单位或者个人为扣缴义务人。扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴，并于代扣之日起7日内向主管税务机关报送扣缴企业所得税报告表。将税款缴入国库。
扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务的，如股权交易双方均为非居民企业，且在境内交易的，非居民企业直接在证券交易市场转让境内上市公司股权等，由非居民企业自合同、协议约定的股权转让之日起7日内，到被转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关申报缴纳企业所得税。
但如果被转让的境外控股公司所在国（地区）实际税负低于12.5%或者对其居民境外所得不征收所得税的，境外投资方（实际控制方）设立境外控股公司不具有合理的商业目的，仅仅通过滥用组织形式等安排间接转让中国居民企业股权的，经主管税务机关审核报国家税务总局批准后，可按照经济实质对该股权转让交易重新定性，否定被用作税收安排的境外控股公司的存在，即认定该境外投资方（实际控制方）取得了转让中国居民企业的股权所得，应按我国税法规定缴纳企业所得税。698号文件还规定，非居民企业向其关联方转让中国居民企业股权，其转让价格不符合独立交易原则而减少应纳税所得额的。税务机关有权按照合理方法进行调整。
需要注意的是，698号文件规定该通知自2008年1月1日起生效，发生在2008年以后所得的符合本通知规定的非居民股权转让所得都要追溯调整。
