根据《企业所得税法》及《企业所得税法实施条例》的有关规定，经国务院批准，财政部、国家税务总局下发了财税[2009]87号，就企业取得的专项用途财政性资金有关企业所得税处理问题进一步明确。对企业在2008年1月1日至2010年12月31日期间从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡符合条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中扣除。从而取代了财税字[1995]81号《关于企业补贴收入征税等问题的通知》，新规定比旧规定进行了细化，更具有操作性。
一、财政性资金不征税的条件
财税[2008]151号规定，财政性资金是指企业取得的来源于政府及其有关部门的财政补助、补贴、贷款贴息，以及其他各类财政专项资金，包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收，但不包括企业按规定取得的出口退税款；所称国家投资，是指国家以投资者身份投入企业、并按有关规定相应增加企业实收资本（股本）的直接投资。财税[2009]87号规定，财政性资金只有下述三个条件同时具备。才可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中扣除，若缺少任意条件的不允许从收入总额中扣除，尤其注意对该项资金单独进行核算，以备税务检查。（1）企业能够提供资金拨付文件，且文件中规定该资金的专项用途：（2）财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求；（3）企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。
二、区别拨付资金部门与批准部门
财税[2009]87号第一条规定，从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，是指取得资金单位为县级人民政府财政部门及其他部门，不能理解为批准部门。财税[2008]151号规定，对企业取得的由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金，准予作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中扣除。这类收入必须是国务院财政、税务主管部门规定专项用途，不能混作他用；批准级别是国务院，地方政府委托代行职能的专项资金不得作为不征税收入，而应视为应税收入。
三、关注执行期间与起止日
财税[2009]87号规定，起止日期为2008年1月1日至2010年12月31日期间，虽然文件发布在2009年6月，但企业在2008年度符合该项免税的已经缴纳税款的，可以申请退税；在2008年度企业将其确认为不征税收入，但支出确认了费用或形成的资产计提了折旧、摊销的要补税。执行截止日为2010年12月31日，2010年12月31日以后不再执行该不征税规定。
四、遵循后续管理，防范涉税风险
该项财政资金在计算企业所得税时已经从所得额中扣除，上述不征税收人用于支出所形成的费用或形成的资产计算折旧、摊销时，若再在纳税所得额中扣除就会获得双重优惠，这是不允许的，根据财税[2009]87号规定及实施条例第二十八条的规定，上述不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
上述不征税收入并不是永久不纳税，注意5年内未发生支出且未缴回要重新计入收入总额，根据财税[2009]87号规定，企业将符合本通知第一条规定条件的财政性资金作为不征税收入处理后，在5年（60个月）内未发生支出且未缴回财政或其他拨付资金的政府部门的部分，应重新计入取得该资金第六年的收入总额；重新计人收入总额的财政性资金发生的支出，允许在计算应纳税所得额时扣除。若企业对此处理不当，不但要补税。而且还将面临50％～5倍的罚款。
