第一，会计档案管理现状及其原因。
一是会计档案的案卷质量不高。会计资料是会计核算过程中形成的记录和反映经济业务的发生、执行情况的资料，是会计档案的组成要件，其收集装订是由会计机构的会计人员来完成的，因此会计档案的质量取决于会计人员对会计资料的审核监督及收集装订。会计资料的审核是确保其质量的重要措施之一，也是会计人员的职责，但实际工作中由于会计职能的弱化，会计的监督职能未能很好地发挥作用，不能确保会计资料的真实、合法，或者是合法的会计资料掩盖了非法的经济行为。同时由于装订是由会计人员来完成，一般采取谁收集、谁装订的方法，难以保证其统一的整齐规范和美观大方。
二是没有设置独立的档案部门，会计档案的安全和保密性难以保障。档案部门是会计档案管理工作的组织保证，设置独立档案部门是工作的需要也是法律规章的要求。但实际工作中很多医院，大多数均未设置此机构，各类档案工作由档案形成人员负责，大量的收费票据由收费处保管，会计凭证装订保管由收集的会计人员负责，会计账簿、其他会计资料、电算化系统管理及介质存储等。由于会计机构内部没有指定专人负责会计档案管理，各处工作分散、存放分散、管理环节分散，电算化会计资料未及时打印出来，没有清点、装订成册及没有汇总的清册记录，造成档案保管不规范，难以保证档案的完整、安全和保密。这种现象随着医院规模不断扩大，业务量激增，甚至出现不断恶化的趋势。
三是没有或未及时向档案部门移交会计档案。根据《会计档案管理办法》规定，设有档案部门的，当年形成的会计档案，在会计年度终了后，可暂由会计机构保管一年，期满之后，原则上应由会计机构编制清册移交本单位档案部门统一保管。会计机构必须按期将应当归档的会计档案，全部移交档案部门。实际工作中，会计机构为了查询方便，或者由于装订归档不及时，会计档案长期摆放在财务部门，要么未按期向档案部门移交，要么不向档案部门移交。
四是未充分开发利用档案。会计档案属专业档案，除具有普通档案的一般特征外，另一突出特征就是其专业性，由此决定了会计档案管理人才所应具备的知识结构，但目前的现状是会计管理机构没有专职的档案管理人才，医院档案部门没有专门的管理会计档案的人才。作为医院的重要经济史料，大量的经济档案由会计管理机构人员兼职管理，仅能做到收集整理归档；档案部门的职能也仅为保存与提供利用，而对于档案价值的体现，即档案的开发利用几乎为零。由于开发利用不充分，不能有效体现档案的价值，直接影响人们对会计档案重要性的认识，对会计档案的有效管理极为不利。
五是会计档案销毁难。会计档案的销毁是会计档案管理一系列工作中不可缺少的重要一环。实际工作中这一环节往往不受重视，大有无人来销、无人敢销毁的局面。究其原因，一方面是数量大，开展工作需花费大量的人力物力；另一方面是鉴定销毁缺乏可操作性规定。
第二，完善会计档案的管理措施。
一是加强会计档案管理及操作技能培训、考核与监督检查。面对各类方式的档案收集装订现象，使用专人负责是解决问题的好方法，但在不具备人才条件情况下，由于会计人员是会计档案整理的第一责任人，会计人员对会计档案规范化管理的熟知、熟练程度，决定了会计档案案卷质量的高低，因此，财政部门必须加强会计人员培训，将会计档案管理及操作技能培训作为会计从业人员的岗位培训及继续教育内容长抓不懈，使其熟练掌握会计档案管理的基本知识及操作技能，经常进行监督、评比、考核，将档案规范化内容纳入日常管理工作中，从源头上做好会计档案管理的规范化与标准化工作，提高案卷质量，对确保会计资料及国有资产的安全完整具有重要意义。
二是配备专人，实现会计档案的有效管理。档案管理工作包括档案的收集、整理、立卷、归档、保管、统计、利用、编研及鉴定销毁等一系列环节，由于多数医院会计档案工作无专人负责，这一系列工作有的环节由会计兼职，有的环节根本没有执行，更谈不上会计档案的管理。医院的会计档案与人事档案、病历档案同等重要，医院规模不断扩大、就医环境不断改善、人民生活水平、保健意识不断提高的情况下，档案数量也激增。因此设立专门的档案部门、配备专人管理会计档案尤显必要。医院领导应加强对会计档案工作重视，保证管理工作所需的人力物力，依据法规，考虑实际工作需要，配备专人管理会计档案，把档案清点、装订成册，做好汇总清册记录，保证会计档案整齐有序、内容齐全：做好防磁、防火、防潮、防尘、防盗、防虫、防鼠工作，严格执行安全与保密制度，建立健全档案的归档、借阅、移交、销毁等登记管理制度，切实保障会计资料的安全、完整、保密，是加强会计档案管理、提高管理质量、发挥档案价值、实现会计档案管理有效的根本保证。
三是加强往来款项管理，及时结清债权债务，减少账务查询。财务部门自身查询的方便是其不及时向档案管理部门移交档案的根本原因，查询产生的一个主要原因是未结清的债权债务。由于医院对债权债务清理工作不到位，致使很多往来款款项长期挂账，没有统一的清理期限，从而加大了查询需求。因此，财务部门应加强往来款项管理，及时结清债权债务，尽量减少账务查询工作，使会计档案能按规定及时向档案管理部门移交。
