融资融券业务本质上是一种信用交易，在市场发育尚未成熟、监管措施尚不完善的情况下，可能滋生股价操纵行为，增加股市波动幅度，引发金融风险，因此，需要进行严格监管。我国监管部门推出融资融券业务严格遵循“试点先行、逐渐推开”的原则，在试点阶段对融资融券业务可能引发的各种风险进行严格控制。《试点办法》和证监会2010年1月发布的《关于开展证券公司融资融券业务试点工作的指导意见》（以下称“《指导意见》”）均对证券公司和投资者资质等有一定的要求，同时还明确了业务流程和风险控制措施。
业务流程融资融券业务开始前，证券公司应在证券登记结算机构分别开立“融券专用证券账户”、“客户信用交易担保证券账户”、“信用交易证券交收账户”和“信用交易资金交收账户”,同时在商业银行分别开立融资专用资金账户和客户信用交易担保资金账户。投资者参与融资融券业务应当首先向证券公司提出申请，由证券公司对有关资格条件进行审核。审核通过后，证券公司与投资者（客户）签订业务协议，约定融资融券额度、期限、利率（费率）、保证金比例和维持担保比例等。
发生融资融券业务时，客户向证券公司发出融资买入或融券卖出指令，证券公司审核买入或卖出的证券是否在标的证券范围内、客户信用交易账户中的保证金是否充足。如果满足条件，证券公司应当代客户买入证券或卖出证券，并以“融资专用资金账户”或“融资专用证券账户”中的自有资金或自有证券垫付。融资买入的证券和融券卖出证券的价款应当做为融资融券的担保物，存放在“客户信用交易担保资金账户”和“客户信用交易担保证券账户”.
融资融券成交后，证券公司逐日盯市，核算客户信用交易账户中的担保品整体价值，当担保品价值低于规定水平时，要求投资者补足担保品的价值。投资者可以提取其信用担保账户中超过维持融资融券担保规定水平所需的部分。投资者需在到期日或到期日之前归还所融资金或证券，并支付相关利息和手续费用，一般不能展期，证券交易所规定的除外。
风险控制措施关于标的证券。融资融券业务的风险来自于标的证券的价格波动，为避免价格过度波动，证券交易所和证券公司通常会选择股本规模大、股东人数多、流动性强、业绩稳定、波动幅度不大的股票以及基金、债券作为标的证券。深交所第一批标的证券的范围与深成指成分股范围相同（40只），上交所试点初期标的证券范围与上证50指数成分股范围相同，标的证券范围随成分股的调整而调整。
关于初始保证金。上交所和深交所均规定，投资者融资买入证券或融券卖出时，其融资融券的保证金比例不得低于50%.当保证金以证券充抵时，需按照一定的折算率进行折算。深交所和上交所均对可抵充保证金的证券范围（包括A股股票、基金、债券，但不包括权证和特殊处理的股票）及其折算率的上限做了规定。
关于担保维持与提取。在融资融券期间，投资者需维持的一定的担保比例。上交所和深交所要求客户维持担保的比例不低于130%,当担保比例不足130%时，客户应及时补足，而且补足后维持担保比例不低于150%.投资者融资买入的证券和融券卖出证券所得的价款应当作为担保物进入“担保资金账户”和“担保证券账户”.当维持担保比率超过300%时，投资者才可以提取保证金可用余额中的现金或充抵保证金的有价证券，但提取后维持担保比率不得低于300%,证券交易所另有规定的除外。
关于融资融券规模限制和融券申报规则。深交所和上交所均规定，单只证券融资余额或融券余量达到该证券可流通市值的25%时，即暂停融资买入或融券卖出，以限制过度投机带来的波动。当融资余额或融券余量低于20%时，恢复融资融券交易。融券卖出的申报价格不得低于该证券的最近成交价；当天没有成交的，其申报价格不得低于前收盘价。该规则通常被称为“报升规则”,旨在防止空头恶意打压股价。
关于强制平仓。如果投资者未按规定补足担保物或到期末未偿还所借资金或证券，证券公司可以强制卖出客户担保证券账户中的证券，平仓所得资金优先用于偿还客户所借资金和证券，剩余资金计入客户信用资金账户。
