“财政调库”就是在坚持目前所得税由中央和地方按照60：40的比例分享的前提下，对由总机构缴纳的部分税款，不是在中央与总机构所在地之间分配，而是由财政部在全国各地之间进行分配。具体办法如下：将建筑企业总机构在其所在地缴纳全部税额的50%分成相等的两部分：应纳税总额的25%就地办理缴库，所缴税款由中央与总机构所在地按照60：40分享；应纳税总额另外的25%由总机构全额缴入中央国库，所缴纳税款的60%为中央收入，40%由财政部按照2004年至2006年各省市3年实际分享企业所得税占地方分享总额的比例定期向 各省市分配。如果某分支机构因适用税率与总机构不一致而单独计算应纳税额的，其应纳税额也不是在该分支机构所在地缴纳，而是按照国税发[2008]28号文件规定的办法在总分机构之间分配。
项目经理部收入不就地预缴企业所得税
由于一些大公司的层级多，如果层层预缴会使操作过于复杂，所以，国税发[2008]28号文件规定总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分期预缴企业所得税，三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构。
同时，对总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。
《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）规定以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）的相关规定。
各地根据税务总局上述文件出台了相应的管理办法，有的规定异地施工的建筑企业代开建筑业发票时，按开票金额的一定比例附征企业所得税；而企业所得税汇算清缴时，机构所在地税务机关对于建筑企业异地缴纳的这部分企业所得税又不认可，导致了建筑企业重复纳税。
对此，国税函[2010]39号文件明确，建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等，下同），应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发[2008]28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。
也就是说，建筑企业跨地区设立的项目经理部，凡不符合二级分支机构条件的，其经营收入、职工工资和资产总额应汇总到总机构或者二级分支机构，统一缴纳企业所得税。而且，根据国税发[2008]28号文件规定，具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入中央国库。企业在中国境外设立的不具有法人资格的营业机构，不就地预缴企业所得税。企业计算分期预缴的所得税时，其实际利润额、应纳税额及分摊因素数额，均不包括其在中国境外设立的营业机构。
