同一年度多次所得。员工在同一纳税年度多次取得股票增值权、限制性股票和股票期权所得的，可适用35号文中的个人所得税优惠待遇。唯须将合并后的累计所得按照国税函[2006]902号文（以下简称“902号文”）的规定计征个人所得税。用这种合并方法计征的税负会比分开计算的税负高。
备案及报送资料。实施股权激励计划的境内上市公司应在计划实施前向其主管地方税务机关备案。此外，还应当在股票期权、股票增值权行权前向其主管税务机关提供相关的资料（例如行权通知书），并在申报应纳税所得额时提供相关信息（例如行权股票的数量、施权价格、行权价格、市场价格、转让价格等信息）。
与此同时，实施限制性股票计划的境内上市公司，亦应在中国证券登记结算公司进行股票登记，并经上市公司公示后15日内，将本公司限制性股票计划、股票登记日期及当日收盘价、禁售期限和股权激励人员名单等资料报送主管税务机关备案。461号文还规定，境外上市公司的境内机构应向其主管税务机关报送境外上市公司实施的股权激励计划和相关的资料进行备案。
注意事项
杨治中先生表示，国家税务总局在2009年公布的有关个人所得税的几份文件对不同类别的股权激励计划收入如何计算应纳税额提供了更广泛更明细的指引。例如，其他股权激励计划收入能否享受35号文中的个人所得税优惠待遇和是否需要向其主管税务机关备案的问题，现今就有了明确的说明。避免了以往各地方税务机关有不同理解和执行上存在差异的问题。
虽然澄清了只有已完成股权激励计划在其主管税务机关登记备案的国内、海外上市公司和其符合控股条件的子公司员工，才可能享受35号文中个人所得税优惠待遇，
但是不同的地方税务机关或专管员对备案时间上的规定及备案需要提交什么文件和资料均有不同的差异。因此杨治中先生建议公司向其主管税务机关澄清确认。
另外这个首次提出的多层次公司控股的相关限制，对于已经超出了二级控股界限的子公司，其员工在股权激励计划收入的税负便增加了。建议已经超出了二级控股界限的子公司重新审核之前已经备案的股权激励计划和其税务处理的正确性。考虑到461号文还提出了若公司不进行股权激励计划备案，便不适用35号文中个人所得税优惠待遇，附合有关条件的公司应当及时地准备材料进行备案以保证其员工能够享受个人所得税优惠待遇。
值得一提的是，这种税务备案不应该与汇综发[2007]第78号中规定的报送给国家外汇管理局（以下简称“外管局”）的股权激励计划的备案相混淆。外管局的备案是另一项规定，适用于对其中国雇员实施股权激励计划的海外公司。
需要注意的是，尽管461号文从2009年8月24日起生效，但在此之前已获授予股票增值权和限制性股票但仍未完成申报缴纳个人所得税的员工，其有关备案要求和个人所得税处理也应遵照461号文执行。因此，公司必须清楚对不同股权激励所得的个人所得税计税方法，以便为员工代扣代缴相应的税款。如果在此之前跟员工的沟通中有与461号文不一致的地方，公司亦应尽快向员工澄清和解释。
