新《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例就企业重组业务税务处理未进行具体规定，根据《中华人民共和国企业所得税法》第二十条和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（国务院令第512号）第七十五条规定制定的财税[2009]59号，就企业重组所涉及的企业所得税具体处理问题进一步明确，该“通知”的出台弥补了一项税收政策空白。企业重组行为对于现代公司治理制度的特殊性和重要性，各国税法都对其做了专门规定，我国企业重组税收优惠政策的明确将刺激企业加快兼并重组的步伐。
一、重组业务税务处理分类
财税[2009]59号与国家税务总局令[2003]6号（自2003年3月1日起施行的《企业债务重组业务所得税处理办法》）相比，新办法更为详细，重组税收负担大幅降低。根据《通知》，企业重组的税务处理分一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。一般性税务处理规定作为原则性规定普遍适用，但对于一些特殊重组，则适用不同的计税基础和计税方法。因为一般性税收原则出发，企业的全部资产交换都应纳税，而特殊性税务处理约等于免税。
（一）特殊性重组的税务处理
特殊性企业重组同时符合下列五个条件：一是具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；二是被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合规定比例；三是企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动；四是重组交易对价中涉及股权支付金额符合规定比例；五是企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。对于一些特殊重组，适用不同的计税基础和计税方法。比如，对一些特殊的债务重组行为执行特殊性税务处理规定。其中包括，企业债务重组确认的应纳税所得额占该企业当年应纳税所得额50％以上，可以在5个纳税年度的期间内，均匀计入各年度的应纳税所得额。此外，企业发生债权转股权业务，对债务清偿和股权投资两项业务暂不确认有关债务清偿所得或损失，股权投资的计税基础以原债权的计税基础确定。
（二）一般性重组的税务处理
企业重组除符合本通知规定适用特殊性税务处理规定的外，按以下规定进行税务处理：企业由法人转变为个人独资企业、合伙企业等非法人组织，或将登记注册地转移至中华人民共和国境外（包括港澳台地区），应视同企业进行清算、分配，股东重新投资成立新企业。企业的全部资产以及股东投资的计税基础均应以公允价值为基础确定。企业发生其他法律形式简单改变的，可直接变更税务登记，除另有规定外，有关企业所得税纳税事项（包括亏损结转、税收优惠等权益和义务）由变更后企业承继，但因住所发生变化而不符合税收优惠条件的除外。企业债务重组，以非货币资产清偿债务，应当分解为转让相关非货币性资产、按非货币性资产公允价值清偿债务两项业务，确认相关资产的所得或损失。发生债权转股权的，应当分解为债务清偿和股权投资两项业务，确认有关债务清偿所得或损失。债务人应当按照支付的债务清偿额低于债务计税基础的差额，确认债务重组所得；债权人应当按照收到的债务清偿额低于债权计税基础的差额，确认债务重组损失。债务人的相关所得税纳税事项原则上保持不变。企业合并，合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。企业分立，被分立企业对分立出去资产应按公允价值确认资产转让所得或损失。分立企业应按公允价值确认接受资产的计税基础。被分立企业继续存在时，其股东取得的对价应视同被分立企业分配进行处理。被分立企业不再继续存在时，被分立企业及其股东都应按清算进行所得税处理。企业分立相关企业的亏损不得相互结转弥补。
二、执行时间和注意事项
《通知》虽然在2009年5月份公布，但自2008年1月1日起执行，回溯至2008年1月1日企业合乎规定的股权收购等行为全部实施免征企业所得税，所以实际上很多在去年进行并购重组的企业仍能享受到优惠政策。
（一）特殊性企业重组对支付资金的要求
资产收购时，受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的75％，且受让企业在该资产收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85％；企业合并时，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85％，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并；企业分立时，被分立企业所有股东按原持股比例取得分立企业的股权，分立企业和被分立企业均不改变原来的实质经营活动，且被分立企业股东在该企业分立发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85％。在股权收购时，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75％，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85％。
