尽管税务机关希望对一些间接转让交易征税的意图很明显，但698 号文中仍有很多不确定的地方需要厘清。
境外中间控股公司实际税负是否低于12.5%应如何测定即是其一。例如，若境外中间控股公司所在国（地区）的税率高于12.5%，但是该国（地区）对资本利得不征收所得税，则该情形是否达到了698号文中的实际税负条件？在外国企业直接转让中国居民企业股权时，税务机关很容易确定股权受让方即为代扣代缴义务人；但与之不同的是，间接转让中国居民企业股权在征收管理上存在一定难度。目前还不清楚税务机关在实际操作中将对境外间接转让如何加以征管。在大型集团公司的全球性重组并购交易中，披露所有交易的完整信息这一要求可能会显得有些难以完成或不切实际，因为这可能带来相当繁重的合规性工作，且涉及大量不相关信息的提交。从股权收购方的角度看，如果股权出售方没有按照税法要求履行相关义务将会对收购方产生何种影响及后果，目前还不十分明确。
此外，698号文对扣缴税款和递交相关资料的期限规定在时间上是相当紧张的。如果扣缴义务人没有代扣代缴股权转让的企业所得税，非居民企业纳税人只有7天的时间履行其纳税义务。从实际操作角度考虑，由于股权转让对价通常不会在交易结束后7天内就完成交付，因此这项规定将可能带来很大的问题。而且，698号文没有对7天后收购价格进行调整的情况作出规定。另外，如果股权转让所得税交纳期限在收到转让价款之前，那么现金流将成为非居民投资者的潜在担忧。
值得注意的是，698号文要求用第一次投资的币种而不是人民币来计算转让价。如果非居民投资方多次用不同货币投资，则按照698号文的规定用不同的汇率和加权平均法来计算转让价的过程会变得非常复杂。
如果境外中间控股公司位于低税负国家（地区）或者该国家（地区）对境外所得不征税，698号文要求在30天内递交大量与间接转让相关的文件。要求递交的文件不仅仅包括股权转让合同或协议，还包括证明非居民投资方和境外中间控股公司之间具体关系的文件。如果交易涉及多个境内和境外企业的转让，国家税务总局还要求披露整个交易的详细信息，其中可能包括与中国企业完全无关的公司信息。这很有可能将会成为外国投资方的一项挑战和繁重的负担。另一方面，文件并未对税务官员的资料审核和得出结论的时限加以明确。
698号文最让纳税人感到任务艰巨的还在于其追溯效力。因此，2007年之后间接转让中国企业的外国非居民企业股东应审查交易过程，分析是否有其他额外的申报工作尚需完成。
除了上述亟待厘清的不确定事项以外，698号文就中国税务机关是否有权力向外国企业征税并/或要求他们递交可能与中国企业有关或无关的资料可能会引发一些法律上的争议。对于无论是公司法人还是私募基金的外国投资者而言，通过境外中间控股公司投资中国，毫无疑问将会产生更大的管理和执行的负担。那些有合理的理由而使用境外中间控股公司的投资者仍会面临被征税的风险，这些投资者可能会为了避免在中国的税务风险而需花费大量时间精力以达到698号文提及的合规要求或者证明其安排的合理性。
