有些地区或部门的支农政策、一些支农项目的财政配套资金，在农业财政资金预算时，并没有得到有效执行和落实。一些资金使用部门法律意识淡薄，加上财力有限，经费紧张，造成涉农资金被挤占挪用的情况。通过一些票据套取现金的现象，也在一定范围内存在。
4.涉农资金被浪费
项目计划的随意调整，一些项目工程未严格执行招投标制度，高估了项目成本，有关涉农工程项目重复建设等，客观上造成了专项资金被浪费的情况。
三、强化涉农资金审计的相关措施
1.审计注重涉农资金效益，并逐步完善指标评价体系
涉农资金审计，是将检查资金使用效果、促进合理有效利用资金作为审计的最终目的，为此，在审计过程中，需要探索效益审计路子，逐步建立一套可行的涉农资金效益指标评价体系。从目前情况看，该指标评价体系应包括三个方面，即经济效益指标体系、社会效益指标体系、生态效益指标体系。只有这样审计人员才能更重点关注涉农资金的直接效益、长远效益和社会效益，才能使财政支农项目效益在经济、社会、生态等多方面体现出来。有些效益也可直接体现出来，有的则通过改善生产生活设施和生态环境间接体现出来，有的在短期内可以体现，有的则需较长时间体现出来。
2.把握相关原则、改善涉农审计的相关技术和方法
涉农资金审计应坚持四个基本原则，一是在审计理念上，要关注民生、服务百姓，充分尊重农民群众的主体地位。二是在工作目标上，检查纠正政策执行中各种偏差，保证政策落实到位。三是在工作思路上，要统筹安排，突出对重点资金、重点项目和重点领域的审计监督。四是在方式方法上，注重与其他专业审计结合，密切上下级审计机关配合，形成整体合力。其次是要改善审计技术和方法。一是要全面把握资金总量和基本情况，重点把握资金的流向、流量和流速。二是确定审计内容时做到“项目结合”，即把涉农审计与预算执行审计、经济责任审计、投资审计和金融审计等相结合。三是确定审计方式上做到“审调结合”和“上下结合”，即坚持审计与审计调查相结合，采取上下联动、统一方案和统一组织的审计方式。四是运用审计方法上做到“人机结合”，运用计算机的各项功能，提高审计效率和审计质量。五是邀请部门力量的配合，对发现违纪违法问题线索，提请纪检和司法部门配合查处。
3.突出审计重点，提高审计监督效果
突出对投入规模大，涉及面广的涉农资金审计，突出对各项政府确定的农村建设重点工程项目的审计，突出对农民最关注或反映较大的问题的审计，切实维护农民的利益。要紧紧抓住其流向、流量和流速。重点检查项目计划落实情况，有无冒领补助资金和损失浪费，是否改变资金用途，以评价其达到的效果；配套资金筹集的是否到位，分析项目的进度以评价其项目的效率性；分析项目的经营收入和成本以评价其经济性。对农民关注或反映较大的问题审计，应在全面熟悉惠农政策法规基础上，对照有关责任状或协议，看有否及时按协议兑现有关扶贫款或补助资金，落实各项惠农政策。
4.加大审计延伸的范围和力度
一级预算单位往往负责涉农资金的管理和拨付，而二、三级预算单位才是财政专项资金的具体使用单位，专项资金的使用情况如何，是预算支出审计的重要内容。因此，通过延伸审计，才能揭示出财政资金在分配、管理、使用中存在的深层次的问题。加大对涉农资金的审计覆盖面，促使资金使用单位加强专项资金管理，专款专用，切实发挥专项资金应有的作用。
5.积极开展涉农资金的效益审计。
积极开展效益审计，是审计机关落实科学发展观，依法全面履行职责，大力推进资源节约型社会建设的一项重要举措。对涉农资金审计的重点要从关注真实性和合法性向效益性进行转移，逐步建立以政策为重点、以资金为主线、以效益为目标的效益审计工作方法和体系。在审计的过程中，要重点关注由于决策失误、管理不善等造成的资金使用效益低下和损失浪费，并通过专门的绩效评估，对资金管理和使用效益进行分析和评价，提出加强和改进管理的建议，促进资源的合理配置和高效回报。
6.对涉农资金进行跟踪问效审计。
跟踪审计是变事后审计为事前审计，变阶段性审计为全程审计，将审计的关口前移和深化。对涉农资金采用跟踪审计的方式，能够及时地进行查处和纠正在资金的拨付、使用、管理中存在的违规问题，促进项目的顺利实施和按时完工，并且达到规定的标准，审计监督的效果得以体现，切实提高了涉农资金的使用效益，促进预算执行全方位的健康运行。
