2008年4月，科技部、财政部和国家税务总局联合发布《高新技术企业认定管理办法》，对依法享受税收优惠的高新技术企业认定条件作出了明确界定。2008年7月，科技部、财政部、国家税务总局联合发布了《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火[2008]362号），至此，作为《企业所得税法》配套文件的《高新技术认定管理办法》、《国家重点支持的高新技术领域》、《高新企业认定管理工作指引》已全部出台，高新技术企业认定工作正式启动。
结合这两个文件规定，我们认为，企业在进行高新技术企业认定过程中，应重点关注以下几点：
重新认定方能享受优惠
《指引》规定，2007年底前国家高新技术产业开发区（包括北京市新技术产业开发试验区）内、外已按原认定办法认定的仍在有效期内的高新技术企业资格依然有效，但在按《认定办法》和《工作指引》重新认定合格后方可依照《企业所得税法》及其实施条例等有关规定享受企业所得税优惠政策。企业亦可在资格到期后申请重新认定，但在重新认定期间只能执行25%税率。
根据《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）规定，2008年1月1日起，2007年3月16日以前经工商等登记管理机关登记设立的企业，原享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”等定期减免税优惠的企业，可以享受过渡优惠政策，即继续按原税收法律、行政法规及相关文件规定的优惠办法及年限享受至期满为止，但因未获利而尚未享受税收优惠的，其优惠期限从2008年度起计算。
例如，2006年设立在北京新技术产业开发试验区的某企业，如果其在2007年底前已经取得新技术企业资格，并且该资格在过渡期内始终有效。企业在过渡期内是否须要重新认定方可继续享受过渡优惠，目前有两种观点：
一种观点认为，该企业的高新资格在过渡期内有效，国发[2007]39号文规定，该企业可享受税收优惠至过渡期满，不需要重新认定。如果企业在原新技术企业资格期满之后未能重新获得高新资格认定，那么即使在过渡期内，该企业也应适用25%的企业所得税税率。
另一种观点认为，即使企业在过渡期内仍处于39号文所说的减免税期及同时也在原有高新企业资格有效期内，也应及时办理重新认定后方能继续享受39号文中所说的减免税优惠政策。
我们更倾向于第二观点。
企业过渡期内的各项指标符合《认定办法》规定的标准是企业继续享受过渡期优惠政策的前提，即企业在过渡期内仍处于39号文所说的减免税期及同时也在原有高新企业资格有效期内，也应及时办理重新认定后方能继续享受39号文所说的减免税优惠政策。在《指引》的前言中也已经强调，“2007年底前国家高新技术产业开发区内、外已按原认定办法认定的仍在有效期内的高新技术企业资格依然有效，但在按《认定办法》和《工作指引》重新认定合格后方可依照《企业所得税法》及其实施条例等有关规定享受企业所得税优惠政策。”企业如何理解和操作，还需等待总局相关文件明确。
