上市中的创业板企业在资本运作中通常要涉及股权收购等资产重组的问题。
根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号文）（以下简称《通知》），企业重组，是指企业在日常经营活动以外发生的法律结构或经济结构重大改变的交易，包括企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等。
《通知》中对重组的税务处理分为一般性税务处理与特殊税务处理两种，两种税务处理的主要差异在于计量的标准不一样。一般性税务处理主要以公允价值来计量；特殊性税务处理主要以原有的计税基础来计量。
以股权收购为例，一般性税务处理中规定：收购方取得股权的计税基础应以公允价值为基础确定；而特殊性税务处理中规定：收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。因此，特殊性税务处理本质上是一种递延纳税，因为计量标准的不同将导致到企业计税依据的差异，进而影响到企业的税负，从某种意义上说，这样的递延纳税也是一种税收优惠，企业因此而获得了货币的时间价值。
鉴于重组特殊性税务处理具有的优惠待遇，《通知》中对适用重组特殊性税务处理企业的条件有严格的规定。具体包括：具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例；企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动；重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例；企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
纵观以上条件，主要体现出以下几个特点：一是重组资产的份额较大，如股权收购和资产收购均要求收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%；二是重组资产的支付对价中股份支付所占的比重较大，如股权收购和资产收购中受让企业在该资产收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%；三是企业重组后经营具有连续性，四是取得重组股份支付的股东具有连续性。这充分体现出享受重组税收特殊待遇的企业务必是涉及重组资产数额较大、资产寻求优化配置的企业，而不是仅限于小部分资产置换的或以避税为目的的企业。因此，企业在上市中的资本运作时，应该根据《通知》的要求，关注重组资产所占总资产的份额，以及股权支付的比例，尤其在反向收购中，充分利用重组特殊性税务处理的优惠。
股票交易
买卖创业板上市企业还需要关注其中涉及的证券交易税和所得税政策。
经国务院批准，财政部、国家税务总局决定从2008年9月19日起，调整证券（股票）交易印花税征收方式，将现行的对买卖、继承、赠与所书立的A股、B股股权转让书据按1‰的税率对双方当事人征收证券（股票）交易印花税，调整为单边征税，即对买卖、继承、赠与所书立的A股、B股股权转让书据的出让方按1‰的税率征收证券（股票）交易印花税，对受让方不再征税。但是以上证券交易税政策适用于所有证券（股票）的交易，如果要鼓励创业板上市企业的股票交易，应该在印花税上给予一定的优惠，甚至暂时免征印花税。
对于买卖创业板上市企业股票的所得，根据交易主体的不同，分别适用不同的所得税政策。作为个人买卖股票需要缴纳个人所得税，涉及的税目有两个：一是送红股、派现等行为作为股息红利所得征收个人所得税，为促进资本市场发展，对个人投资者从上市公司取得的股息红利所得，暂减按50%计入个人应纳税所得额，依照现行税法规定计征个人所得税；二是买卖股票的价差收入作为财产转让所得征收个人所得税，但目前暂时免征。作为法人买卖股票则需要缴纳企业所得税，其中股息所得和财产转让所得均需要纳税。但如果是居民企业间的股息、红利等权益性投资收益免税。在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益免税，但此处的权益性投资收益专指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益，不包括持有居民企业公开发行并上市流通的股票连续时间不超过12个月取得的权益性投资收益。因此在购买创业板上市企业股票短期持有后出售，是不能满足以上免税条件的。此外，如果在中国境内未设立机构、场所，但有来源于中国境内所得的非居民企业从中国所获得的股息所得则按照10%的预提税率征收。
