高校开展财务预算执行审计中存在的问题，其产生的主要原因有以下几方面：
（一）预算管理制度尚未建立健全
有的虽然有预算管理制度，但形同虚设，随意更改，没有严格预算的理念。资金收支缺乏统一的筹划和控制，随意性大，使用混乱。资金的流向与控制脱节，资金体外循环严重，事前监督不严，事中控制不力，事后审计监督因受多种因素影响效果不佳，既无法反映预算资金全貌，也不利于考核预算资金执行情况。
（二）预算缺乏完整性
《高等学校财务制度》提出了高校预算新概念，并规定了“大口径”范围，这样做能如实地反映高校资金收支的总规模。高校预算基本是按收入类别和支出功能分类编制的，对于专用基金和借款及高校办学存量资产，特别是可用资金等经济资源链条缺乏全面的控制，对于资本性支出及现金流量等方面的预算制定也很少。这种粗放型的预算编制，不利于对资金分配和使用的审查监督。
（三）部门预算调查缺乏重视
内部预算部门之间类似一种平行线的关系，横向联系不多，一些高等学校对预算管理的重视和认识不够，认为预算管理只是财务部门的事，确定预算项目、编制和控制预算由财务部门完成，各职能部门只是形式上参与、提供一些简单的部门经费支出计划，实际上缺乏对资金使用长远性、科学性和连续性地分析，没有充分调动各方面理财的积极性和各职能部门在预算管理中的基础作用。
（四）预算支出的效益性重视不够
在财政“大包大揽、重支轻管”的情况下，财政收支中违纪违规问题多，目前审计部门比较重视预算支出的真实性、合法性审计，对预算管理和效益性考虑的较少，对预算支出的结构分析不够。如资源配置是否合理，重点项目有无投入产出效果如何、支出管理是否严格科学、有无财政资金损失浪费等问题关注不够，未评价财政资金分配、使用的合理性、有效性。
四、高校财务预算执行审计的强化
高校财务预算执行审计有效性的提高，必须在以下方面对其予以加强：
（一）加强预算执行审计，促使学校健全预算管理体制各高校应加强预算执行审计工作，从预算收入人手，着力于预算支出审计；从预算执行结果出发，着力于预算执行全过程审计。通过审计，健全和完善预算管理体制，促进预算管理规范化，促进建立预算管理机构。如建立校长直接领导，由财务、审计等相关专业人员组成的学校预算管理机构，通过预算管理机构专业人员的集体工作，充分发挥专业人员的集体智慧，对学校及下属各学院（部门）提交的预算进行合理性、准确性和科学性的调查、论证，加强对整个学校预算工作的指导和考核，为学校领导层的预算管理决策提供依据。
（二）审计部门事前参与，力求促进预算编制的科学与合理在编制预算期间，审计部门应当主动了解并要求财务管理部门提供预算编制情况，从科学性、合理性和细化的程度等方面预先进行审查，同时审查其所采用的定员定额标准是否科学、合理和符合实际，积极提出加强预算管理的意见和建议，努力使学校的综合财务预算做到科学、合理、可行。将一切财务收支都纳入预算管理，监督学校预算行使“大管理”职能，将校级与内部各部门经费实行“一盘棋”管理，明确各级经济责任制，力求促进预算编制的科学与合理。
（三）建立预算执行信息传递与反馈网络，加强预算执行的监督与管理各高校应结合实际，在高校内部建立以财务部门为中心，上至学校决策层、下联各学院（部门）的预算执行信息传递与反馈网络。从预算编制起，就要加强部门之间的沟通与协调：财务部门利用计算机对整个学校及下属各学院（部门）的预算计划进行实时监控，对各院系、部处提供的预算建议计划进行分析、审核，在此基础上编制学校收支预算草案。在执行过程中，财务部门也应该利用网络系统严格控制资金流向，执行情况一旦发现超计划或无计划用款现象等，立刻提出预警或禁止信息。下属的各学院（部门）应积极配合，主动进行预算管理，建立及时信息反馈与沟通制度。
（四）加强预算支出的结构性分析，促使预算支出的使用效益
随着高校预算资金管理的逐步规范，预算支出的使用效益情况如何，是否达到预期的效果，就成为学校领导特别关注的问题。审计部门应围绕预算支出效益，将审计的重点放在对资金使用效益的分析、考核和评价上。如在检查预算支出是否合理、合规的同时，重点检查专项经费使用效益，检查这些经费是否真正用于基本建设项目、购置设备、接受劳务和服务等支出，其发挥的效益如何。通过对预算支出的审计分析，进一步优化支出结构，使预算执行审计的目标逐步由真实、合法性向效益性转变，提高预算支出的使用效益。
加强高校预算执行审计将是内部审计部门近年来的重要工作内容，随着预算执行审计的不断深化，将对加强高校全面预算、维护财经纪律、促进和深化高校体制改革发挥重要作用。
