对公司内部控制有效性审计缺乏相关的审计准则。杨有红、汪薇在《2006沪市公司内部控制披露》中对自愿进行内部控制有效性审计的24家公司研究发现：会计师事务所在对公司内部控制有效性进行审计时，有54.2%的会计师事务所依据的是2002年发布的《内部控制审核指导意见》，有41.7%的会计师事务所依据的是2006年发布的《中国注册会计师审计准则》，有4.1%的会计师事务所依据的是2006年发布的《上海证券交易所内部控制指引》。由此看出会计师事务所对内部控制有效性审计没有统一的依据。《内部控制审核指导意见》表面上看是针对内部控制的，但内容和最后的报告格式都仅仅针对财务报告；《中国注册会计师审计准则》中与内部控制有关的就是第1231号准则——针对评估的重大错报实施的程序，但也主要是针对在财务报表审计过程中，如何了解和测试被审计单位与财务报表有关的内部控制，而不是广义的内部控制。会计师事务所要对内部控制发表审计意见，必须有一个专门针对内部控制的统一的审计准则。规范会计师事务所如何确定审计范围、如何审计、如何取得证据、如何界定发现问题的性质等。
（三）会计师事务所自身方面
会计师事务所缺乏相关具有胜任能力的人才。会计师事务所业务范围的扩大，对具有相关专业知识和丰富经验的人才的需求也大幅增加。另一方面相对财务报表审计而言，内部控制审计需要更多的职业判断。首先在企业方面，因为内部控制是为了防范风险，而风险是还没发生、不确定的，所以企业要先判断哪里有风险，然后判断风险的大小，风险的偏好，还要考虑用什么样的内部控制，将风险控制在可接受的范围内。注册会计师在审计时，也要运用大量的职业判断。因此会计师事务所在缺乏相关具有专业知识和经验的人才的情况下，盲目承接业务会面临较大的审计风险。
三、会计师事务风险防范建议
（一）建立健全内部控制和风险管理制度
会计师事务所在接受客户时，要判断什么样的客户可以接受，要考察客户的控制环境。有没有蓄意欺骗的倾向等。在审计过程中，应履行严格的审验程序。记录详细的审计工作底稿，保持相应的职业谨慎。在证据充分的情况下，才可以出具签证报告。在具体承担业务分派任务时，要制定严格的政策和程序，以合理保证所有聘请的人员均能胜任所分配的任务，将工作委派给技术熟练、经验丰富的人员。考核方面应建立业务评价机制。添加绩效工资，对能力强、审计质量高、有敬业精神的员工，应给予奖励。具体审计项目中，给负责人用人权。充分调动员工的工作积极性，实现小组内的优化组合，使小组成员各司其职，最终实现优胜劣汰。对于审计失败的项目，要及时总结教训，建立责任追究制度。
（二）加强对员工内部控制方面的培训，使其具有胜任能力
人才是会计师事务所最重要的资产，员工素质的高低体现了事务所核心竞争力的强弱，也是能否向客户提供优质一流服务的首要条件。会计师事务所要在日趋激烈的竞争中生存发展，必须有一支优秀的从业人员队伍，优秀的队伍来自科学的管理和辛勤的培育。培训的核心是开发员工个人潜力以提升工作能力和工作绩效，开发组织潜能以形成相互协作的精神从而提高组织的整体战斗力和绩效水平。通过培训。能使员工提高和改善工作技能，掌握新知识和新技能。以适应业务的需要，具有胜任能力。
（三）加强注册会计师的执业风险意识
会计师事务所应加强对注册会计师执业风险的教育。注册会计师要充分考虑客户的内部控制情况和管理人员的品行，在执行审计业务时应严格、谨慎地按执业准则审查每一个程序、每一个票据、每一个环节，忠实地履行自己的职责，认真整理审计记录。考虑审计证据是否充分、适当，不能草草审计，匆匆下结论出报告。
