1、对部分税收优惠实行目录管理。为了提高企业所得税优惠政策效率，确保税收优惠政策落实到国家鼓励发展的产业上，按照实施条例第一百零一条的规定，财政部、国家税务总局会同发改委、科技部、安监总局等部门，研究起草了公共基础设施、资源综合利用、环境保护、节能节水、安全生产专用设备5个企业所得税优惠目录，报国务院批准后公布施行。
2、关于地区间税源转移问题。根据新税法第五十条规定，不具有法人资格的营业机构应实行法人汇总纳税制度，由此将出现一些地区间税源转移问题。鉴于地区间税源转移问题十分复杂，国际上也没有十分妥善的解决办法，财政部和税总研究后，拟从我国实际情况出发，采取总分机构预缴税款的办法，按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政分配”的原则，合理确定总分机构所在地政府的分享比例和办法，尽可能地解决好新税法实施后所带来的地区间税源转移问题。
3、关于过渡性税收优惠政策具体实施办法。为了保持税收优惠政策的连续性，根据新税法第五十七条规定，国务院发文明确，对老企业以及法律设置的特定地区，实行过渡性税收优惠政策。
一是对新税法公布前批准设立老企业，按原税法和细则规定享受低税率优惠和定期减免税优惠的，在新税法施行后继续给予一定时期的过渡性优惠：一是对原享受低税率优惠政策的企业，在新税法施行后5年内逐步过渡到法定税率，其中，享受企业所得税15%税率的企业，2008年按18%税率执行，2009年按20%税率执行，2010年按22%税率执行，2011年按24%税率执行，2012年按25%税率执行；原执行24%税率的企业，2008年起按25%税率执行。二是对原享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”等定期减免税优惠的企业，新税法施行后继续按原税收法律、行政法规及相关文件规定的优惠办法及年限享受至期满为止，但因未获利而尚未享受税收优惠的，其优惠期限从2008年度起计算。
二是对深圳、珠海、汕头、厦门、海南经济特区和上海浦东新区（即“5+1”地区）内，在2008年1月1日（含）之后完成登记注册的国家需要重点扶持的高新技术企业，在经济特区和上海浦东新区内取得的所得，自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年按照25%的法定税率减半征收企业所得税，以支持和鼓励“5+1”地区实现产业结构升级，争创自主创新和科技发展新优势。
三是对西部大开发企业所得税优惠政策，在新税法施行后继续执行。
4、关于税收政策清理和新旧税法适用性问题。对原企业所得税优惠政策及其他收入、扣除等政策，除按新税法第五十七条规定的范围，对部分税收优惠给予过渡优惠政策的以外，其他的需要进一步清理。对此，初步考虑采用四种方式处理：一是在新税法及实施条例中已规定有替代政策的，一律取消相关政策。二是保留，对少量执行有效的优惠政策予以保留。三是对部分跨2008年度的优惠政策，拟政策取消，未执行到期的允许执行至期满。四是取消，即对违反WTO规则和未规定执行期限的优惠政策，从2008年1月1日起一律停止执行。
