审计档案质量的高低，不仅体现审计机关基础工作的水平，同时也能反映审计业务工作质量的高低。因此，提高审计档案质量意识，是做好档案管理工作的前提。随着审计事业的发展，审计档案质量的总体水平在不断提高，但与《档案法》、《审计法》、《审计文件材料立卷归档作业规程》等法律、法规要求，审计档案质量还有待进一步提高。
一、 审计档案存在的主要问题和原因：
审计档案是审计项目资料的最终集合，是对审计过程的详细记录。审计档案的主体是审计资料，从目前看，审计工作中出现的主要问题具体表现在：
一是审前调查缺失或调查质量不高。由于审计项目规模较小或对被审计单位情况比较熟悉等原因，忽视了必要的审前调查，有的项目明明实施了调查，却没能形成审前调查记录，反映不出审前调查的内容，审前调查仅立足于被审计单位或被审计项目的一些基本概况的了解，采取简单的现场咨询。
二是审计日记制度与6号令要求差距较大。由于一些审计人员在主观上对日记的作用认识不够或抱着应付态度，导致部分日记记载的质量不高，随意性较大，缺少查证结果等必要的内容记录，日期间断没有说明，记载审计方法步骤过于简单。
三是审计定性不准，审计处理法规依据运用不到位。个别档案存在定性不准，引用的法律法规不当的情况。有的对工程项目的核减处理，引用的不是处理依据，而是定性依据；有的明显属于罚没管理的问题和收费的问题，定性的却是预算外管理问题；有的审计决定未引用法规依据，直接进行处理。
四是审计程序不够规范，三级复核制度落实不到位。审计报告中反映的主要问题有的不编工作底稿，有的甚至不附审计证据；对重大项目审计报告的审定，有的不开业务会议审定；审计报告征求被审计单位意见时，对提出不同意见的，有个别审计人员未进一步核实，也未作必要的说明。有的审计人员对审计工作底稿复核简单，复核意见中仅写“复”或“同意”字样，有的甚至采用打钩的方式发表复核意见，有的甚至不复核；对程序、结论、证据、法规依据等要素未发表复核意见，
五是审计决定执行情况不明。部分审计项目未见审计决定执行回单和执行情况的证明性材料，有的项目调帐处理执行不清晰，有的对被审计单位因执行期限未到没有完全执行的情况未作出说明。
六是审计处理告知程序履行不到位。按规定，行政机关作出行政处理处罚决定前必须履行告知程序，审计机关的报告征求被审计单位意见的环节就是体现告知的环节。部分档案中对作出调整的审计处理，在征求意见稿中没有体现，导致告知程序履行不到位。
七是审计项目评价欠客观、明晰。按规定，审计评价应当实事求是，客观公正，保持谨慎的态度。有的审计报告评价缺乏依据，评价内容超出审计职能；有的审计报告评价欠客观，与反映问题相互矛盾。
八是审计业务会议制度有待规范与完善。个别审计业务会议流于形式，对一些应由业务会议决定的事项，没有进行审议，仅简单地将报告内容复制过来，业务会议制度没有很好发挥作用。
二、提高审计档案质量应采取的措施
一是要强化审计质量意识。审计质量是提高审计档案质量的前提条件和工作基础。不能让质量管理停留在形式上，要有实质性的控制办法，要围绕有利于规避审计风险、突出审计成效，因地制宜地做好审计质量管理工作。
二是要重视审计日记的编写。在谁审计谁编写的基础上，审计人员编写的审计日记要重点突出，方法步骤和审计思路清晰，既要与审计实施方案的分工要吻合，又不简单敷衍，逐步趋向规范。
三是加强审计风险控制。坚持审计三级复核制度和业务会议制度，充分发挥三级复核作用。要进一步加强审计组长或主审对审计工作底稿的一级复核，业务科室负责人对审计报告的二级复核，特别对底稿的复核，审计组组或主审不再是泛泛的“同意”了事，而是对程序、结论、证据、法规依据等要素发表复核意见，适时有效地前移审计风险控制关口，把好审计质量关。
