通过对基金会进行上述常规审计和延伸审计，能够发现、核实一些局部或个别的财务问题，但并不能审计出基金会的全部或根本性的问题。如果要从总体或全局上掌控审计风险，得出与基金会实际情况相符合的审计结论，就必须抓住基金会的重大或核心问题进行审计。
1、要对基金会的公益事业支出比例进行审计。国务院发布的《基金会管理条例》第29条规定：“公募基金会每年用于从事章程规定的公益事业支出，不得低于上一年总收入的70%”（其中上一年总收入包含利息收入、募集资金、接受捐赠和投资收益，不包含原始基金）。很多基金会往往一方面账上资金结余较多，另一方面公益事业支出又较少，公益事业实际支出比例并没有达到70%，有的甚至在35%以下。因此，中介机构对基金会审计时不能只进行资产、负债、收入、费用的常规审计，只关注净资产中限定性资产与非限定性资产的划分问题，还应该对公益事业支出的比例问题进行专门审计。
2、要对基金会的人员和办公支出比例进行审计。《基金会管理条例》第29条还规定：“基金会工作人员工资福利和行政办公支出不得超过当年总支出的10%”，但实际上有的基金会的人员和办公支出占当年总支出比例偏高，甚至高出10至30个百分点。之所以出现这种状况，主要是由“公益事业支出比例偏低”导致的。因为公益事业支出越大，人员和办公支出金额就可相应增大；反之，如果公益事业支出越小，人员和办公支出金额则应越小。按照条例的比例规定，基金会应在提高公益事业支出占上年度总收入比例的前提下，努力将人员和办公支出占当年总支出的比例降低到10%以下，使基金会运作的各项指标达到条例规定的要求。因此，中介机构在基金会审计中应对此比例进行专门审计，并对基金会提出建议和要求。
3、要对两个比例的披露情况进行审核。笔者认为，基金会的财务报告至少应由《资产负债表》、《业务活动表》和《公募基金会公益支出完成情况表》三种报表组成，特别是第三种报表中对上述两个比例的列示是十分重要的。但是有的基金会并没有编制和披露第三种报表，因此，中介机构在审计中应关注第三种报表的编制，对两个比例的披露进行重点审核。在接受审计后，基金会还应将审计报告和监事会意见在网络等媒体上予以公告，以接受社会的监督。
4、要将两个比例与审计报告意见类型密切挂钩。有的中介机构对基金会出具审计报告时根本没有考虑两个比例是否达标这一因素。笔者认为，两个比例是衡量基金会运行状况好坏的核心指标，因此对基金会出具审计报告时必须考虑两个比例的达标问题。具体地说，只有两个比例均达到条例规定要求且无其他重大问题，才能对其出具标准无保留意见的审计报告；若财务核算比较规范，两个比例与规定比例相差不大，则可出具带保留意见的审计报告；而如果财务核算问题较多且两个比例与规定比例相差很大，就应对其出具否定意见的审计报告。必要时，还可对基金会管理当局出具管理建议书，指出基金会存在的问题，分析其形成原因并提出改进措施，以便基金会及时整改完善。
