对基金会的审计与对行政事业单位或企业的审计既有区别也有相通之处。因此对基金会审计首先要像审计行政事业单位或企业一样，搞好基金会财务报告的基本程序审计或常规程序审计。
1、要做好充分的审前准备工作。基金会不是企业，也不是行政事业单位，而是一种社团组织。我们不能简单地认为基金会的财务核算比较简单，就采用审计行政事业单位或企业的程序和方法去审计基金会的财务报告，这样难以搞好基金会的审计，难以规避审计风险。因此，在对基金会审计之前，必须先搜集基金会的各种信息，研究与基金会有关的各种法规和政策，制定完备的审计实施方案并拟定好需要基金会提供的资料清单。审计前的准备越充分，审计时的效率就会越高，审计成本也会越低。
2、要吃透基金会法律、法规及政策的精神。与基金会有关的法律、法规主要有《中华人民共和国捐赠法》、《基金会管理条例》、《事业单位会计制度》、《民间非营利组织会计制度》及《民间非营利组织新旧会计制度有关衔接问题的处理规定》。做好基金会的审计工作，事先要了解基金会于1997年—2004年执行《事业单位会计制度》，2005年1月1日起见执行《民间非盈利组织会计制度》，并熟悉基金会执行两种会计制度之间的会计科目的转换。
3、基金会现场审计时应注意的审计方法。在资产审计方面，要注意及时盘点现金、审核银行存款（包括外汇存款）的准确性；在负债审计方面，要注意审核往来科目（如其他应付款）的真实性；在结余或净资产审计方面，要注意审核限定性资产与非限定性资产划分的准确性，在收入审计方面，要注意审核捐赠收入、会费收入等各种收入的收据是否合法；收据上的金额是否及时足额入帐；在支出审计方面，要按照重要性原则抽查大额支出的凭证和附件，并与明细账、总账科目相核对，看有无不合法支出，有无将非限定性支出记入限定性支出，有无将人员办公支出记入公益性支出。
二、基金会疑难问题的延伸审计
对基金会审计仅停留在上述常规审计程序是远远不够的，难以发现重大问题、规避审计风险，因此对有些疑难问题还有必要进行延伸审计。
1、对基金会系统内（下属单位）支出情况的审核。一般省市级的公募基金会均有县区级的下属单位，省市基金会对县区基金会有经费拨款。笔者在对某基金会审计时发现，市基金会下拨资金，经县区基金会转拨给乡镇（街道），最后发放到受益人，但受益人收款签字（盖章）的原始依据并没有反馈到市基金会作为记账凭证的附件。经逐级向下核对后发现，有少数受益人的实际收款情况与基金会账上反映的金额并不一致。这种“以拨代支”的情况既不便于日常财务监督，也不便于定期的财务审计。因此，对省市级基金会的审计很有必要对下属单位的收支情况进行逐级深入核实。为了既节约审计时间和成本，又对受益人、基金会、社会和政府负责，可以按重要性原则采用抽查程序对基金会进行延伸审计。
2、对基金会系统外单位关联事项的审核。基金会的收支既涉及系统内，也涉及系统外，其收支是否真实，是否存在舞弊，仅在基金会内部是难以查清的。如外单位或个人向基金会捐款捐物是否全部及时入账的问题，只从基金会内部的收据存根上审核会有局限性。再如基金会向同一系统的另一单位租用办公室支付的租金是否存在舞弊行为，也是在基金会内部难以查实的。因为基金会凭证上记载的审批程序到位、租赁合同齐全、法律依据充足，而事实上，基金会付给同系统另一单位大额房租后，很有可能得到对方返回的一部分现金，并直接发给员工作为福利补贴。对此类疑问，只有设法从外单位了解，才有可能核实。
3、对大额支出的交易对方的追踪审计。基金会有的支出金额非正常偏大，有的支出金额却又非正常偏小，若仅从凭证和账薄着手不易核实其真实性。例如基金会将组织受益人外出旅游，除将发生的食宿、交通费报账外，还将旅游公司收款后开的收据报账，且数额较大；又如基金会开展公益活动的会议费（食宿费）异常偏大（房租支出也偏大）；再如基金会工作人员的工资福利支出在账薄上列支每人月平均不到2 000元，其数额又明显偏少。如果审计人员保持应有的职业怀疑态度，就很容易联想到该单位很有可能在与关联方联手，取得合法的支出凭证从本单位套取现金，再从账外发给员工作为福利补贴。因此对有作弊嫌疑的大额支出，只有对交易对方进行延伸审计，才有可能查个水落石出。
