在对相关的税收法规进行了梳理的基础上，对有关16号文余额纳税的争议以及由其所延伸出的相关问题可以做出如下分析。
⑴房地产开发企业应该以全部收入为营业额纳税。
⑵企业连同不动产一起转让土地使用权，或者连同土地使用权一起转让不动产的，在实践中应该适用149号文的规定，即“在销售不动产时连同不动产所占土地的使用权一并转让的行为，比照销售不动产征税”。
⑶建筑物覆盖率很低的土地使用权转让时，应该视实际情况来分析纳税人主要是转让土地使用权还是销售不动产，然后确定纳税方式。如果建筑物覆盖率极低，比如转让总价中主要是考虑土地使用权价值而不动产价值只占极小比例时，应该理解为转让土地使用权，而不动产价值超过一定比例（比如30％）则理解为转让不动产。当然，判断的标准也可以不是价值比例而是覆盖率或者覆盖率结合容积率。这需要主管税务机关在实践中恰当把握和裁量。
⑷虽然在营业税相关法规中将转让土地使用权及销售不动产截然分开，但实践中二者往往不能截然分割，因此在确定是否适用16号文的规定时，应该首先将经济行为明确为转让无形资产、销售不动产以及在销售不动产时连同不动产所占土地使用权一并转让这三种情况之一，然后再确定是余额纳税还是全额纳税，而不应该先将一项经济行为划分为转让土地使用权和销售房不动产两项行为后再分别适用相关税收政策。
⑸购买房产并进行装修和扩建后再转让的，也属于16号文所述的销售原购入的不动产，可以按余额纳税。
⑹购入覆盖率较低的房地产后又进一步建设，再转让时亦应认定为符合16号文所述转让原购入的不动产，按余额纳税。当然这要和前述⑶的情况结合起来考虑，掌握一个统一的标准尺度，即将实际覆盖率较低的土地使用权和不动产进行划分的标准。如前述覆盖率低于30％，容积率不高于0.5，且不动产价值不高于土地使用权及不动产公允价值总计30％的，认定为转让土地使用权，三者超过一项则认定为属于销售不动产。
⑺不动产在建工程转让的标准应该按照16号文的具体规定来衡量，即“在建项目是指立项建设但尚未完工的房地产项目或其它建设项目。单位和个人转让在建项目时，不管是否办理立项人和土地使用人的更名手续，其实质是发生了转让不动产所有权或土地使用权的行为。对于转让在建项目行为应按以下办法征收营业税：①转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按‘转让无形资产’税目中‘转让土地使用权’项目征收营业税。②转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按‘销售不动产’税目征收营业税”。
⑻对部分出售原购入的房地产或部分转让原受让的土地使用权，笔者认为可以按余额进行纳税，但实践中主管税务机关具有根据实际情况进行裁量的权利。
⑼办理出让手续取得的土地使用权通常可能有两种情况：一是新征土地办理出让手续；另一种是受让原划拨土地补办出让手续。第一种情况即国家征用农村集体土地变为建设用地出让给建设用地的土地使用者。实践中，这种情况通常都是由建设用地使用者办理土地征用批文，向农村集体支付征地即拆迁补偿费等，然后按一定标准向国家土地管理部门支付土地出让金，完成土地征用和出让过程，而这一过程的法律实质应该是国有化征收以及出让两个环节，而所谓土地出让金实质上就是国家出让土地的收益。第二种情况即一些企事业单位因各种原因（包括破产、改制等）转让原属划拨性质的土地使用权，需要支付土地转让价款，并由转让单位补交土地出让金，补办土地出让手续。在实践中，不少单位为了简便起见，在商定土地转让价格时只约定转让净价，而土地出让金由受让土地一方代为补交，但这种情况下的实质还是受让方以转让方式而非出让方式取得土地使用权，但受让价款为受让净价加上代为补交的土地出让金。所以这两种“办理土地出让手续”取得土地使用权的情况在实质上有很大不同，第一种情况下，在国家土地部门出让土地环节是不征税的；而第二种情况下，转让环节通常是要缴纳包括营业税在内的各项税费的（符合规定予以免税的另当别论），对于有些地方以是否在受让环节纳税作为判定在本环节是否余额纳税的标准，国家税务总局“国税函[2005]83号”答复很明确，也就是说即使是第二种情况以及其他免征营业税的受让土地使用权的情形，在其转让时仍然应该按照余额计征营业税。而这两种情形下，除了出让土地的出让人—即国家不需缴纳税金外，与其他人转让土地使用权没有本质差别，而且83号函已经明确是否已实际纳税不能作为是否余额纳税的依据，所以有理由将此处的“出让取得”理解为是16号文中“受让”的一种形式。对于土地出让金，无论是在哪种情况下，其都构成了出让或者转让土地的价值之一，所以不允许扣除土地出让金的理由也并不充分。换句话说，按照16号文的文意，笔者认为允许余额纳税的扣税基数应该包括土地出让金。
那么，对于本文开始部份的示例应该如何计缴营业税呢？通过前述分析，笔者认为，其符合149号文所规定的“转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目”的情形，应该按“转让无形资产”税目中的“转让土地使用权”项目征收营业税。尽管属于部分转让，但笔者认为只要没有房地产管理方面的法律障碍，纳税人按规定提交了相应文件资料，就应该认定为符合16号文的规定，对其采用合理的分割方式，比如示例中所转让土地与剩余土地不存在临街深度和临街宽度的重大差异，因而其平均价值无实质差异情况下，可以按比例划分确定其原受让金额，作为转让收入的扣除基数。
最后补充一点，《财政部 国家税务总局关于调整房地产营业税有关政策的通知》（财税[2006]75号）规定，2006年6月1日后，个人将购买不足5年的住房对外销售的，全额征收营业税；个人将购买超过5年（含5年）的普通住房对外销售的，免征营业税；个人将购买超过5年（含5年）的非普通住房对外销售的，按其销售收入减去购买房屋的价款后的余额征收营业税。这对16号文做出了部分修改，与此前个人销售原购买的住房的纳税政策相比有了较大变化。
