税法中有些看起来简单明了的规定，遇到实际案例有时就会令人莫衷一是。比如：A企业为扩大经营，在两年前以3 000万元受让了与原厂区相邻的60亩土地，拟投入一条新生产线。办理完土地出让等相关手续后便开始进行开发，但开发工作只进行了平整场地和地下水电气及通讯管网工程建设便因故停止，实际已发生开发支出300万元。后来该项目投资计划变更，A企业就以1 500万元的价格将其中的20亩土地转让给B企业，剩余部分留作自用。那么就这项业务，A企业应该如何计缴营业税？有人认为应该按1 500万元全额计缴营业税；有人认为应按照500万元（1 500－3 000×20÷60）的余额计缴营业税，也有人认为两者都不是。不同观点的根源在于对营业税相关税法条文理解的分歧。
一、相关规定的理解分歧
《中华人民共和国营业税暂行条例》（以下简称“条例”）规定：纳税人的营业额为纳税人提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产向对方收取的全部价款和价外费用。《财政部国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）（以下简称“16号文”）修改了这一规定，将政策调整为：单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，以全部收入减去不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额。单位和个人销售或转让抵债所得的不动产、土地使用权的，以全部收入减去抵债时该项不动产或土地使用权作价后的余额为营业额。
自16号文发布，讨论乃至争论几乎就未曾停止过。争论的主要问题是，16号文的规定是意味着所有的销售不动产业务都是以全部收入减去原购置不动产或者受让土地使用权的余额为营业额（即余额纳税），还是只对部分特定情况适用余额纳税，而除特定情况外的其他情况仍适用条例规定以全部收入为营业额（即全额纳税）。同时，实践中因此又延伸出以下问题：⑴如果是余额纳税，那么是否意味着房地产开发企业也要按照余额纳税？⑵如果不是按照余额纳税，那么企业连同不动产一起转让土地使用权，或者连同土地使用权一起转让不动产的，在实践中如何划分及适用纳税政策？⑶建筑物覆盖率很低的土地使用权转让时如何适用税收政策？⑷能否先按照一定规则划分为土地使用权和房地产后再适用相关税收政策？⑸购买房产并进行装修和扩建后如何计税？⑹购入覆盖率较低的房地产后又进一步建设，再转让时如何计税？⑺不动产在建工程转让的标准应如何把握？⑻部分出售受让的土地使用权或购入的不动产，能否采用适当方式按照余额计缴营业税？⑼办理出让手续取得的土地使用权是否属于16号文所述的受让？
二、相关规定的梳理
客观地说，对16号文有关规定的讨论实际上是对其文意的细究，各地方税务机关对16号文件的解释也是如此。但是，在国家税务总局没有做出新的规定或解释之前，各地方税务机关对16号文的解释具有实践效力。因此，有必要对与16号文相关的税收法规及地方税务机关的解释予以梳理。
国家税务总局关于印发《<营业税税目注释（试行稿） >的通知》（国税发[1993]149号）（以下简称“149号文”）明确：“⑴转让无形资产，是指转让无形资产的所有权或使用权的行为。无形资产，是指不具实物形态、但能带来经济利益的资产。本税目的征收范围包括：转让土地使用权、转让商标权、转让专利权、转让非专利技术、转让著作权、转让商誉。其中，转让土地使用权，是指土地使用者转让土地使用权的行为。土地所有者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，不征收营业税。土地租赁，不按本税目征税。⑵销售不动产，是指有偿转让不动产所有权的行为。不动产，是指不能移动，移动后会引起性质、形状改变的财产。本税目的征收范围包括：销售建筑物或构筑物、销售其他土地附着物。①销售建筑物或构筑物，是指有偿转让建筑物或构筑物的所有权的行为。以转让有限产权或永久使用权方式销售建筑物，视同销售建筑物。②销售其他土地附着物，是指有偿转让其他土地附着物的所有权的行为。其他土地附着物，是指建筑物或构筑物以外的其他附着于土地的不动产。单位将不动产无偿赠与他人，视同销售不动产。在销售不动产时连同不动产所占土地的使用权一并转让的行为，比照销售不动产征税。”据此可知，在营业税的相关法规中，土地使用权和不动产是截然分开的，不动产主要是指建筑物或建筑物以及销售其他土地附着物，而土地使用权属于无形资产。
在各地税务机关对16号文的具体解释中，广东省、大连市以及重庆市等地方税务局关于余额纳税的解释大体类似，对销售不动产和转让土地使用权予以了分别界定：单位和个人销售其购置的不动产，以销售不动产的全部收入减去购置不动产的原价后的余额为营业额征收营业税。单位和个人转让其受让的土地使用权，以全部收入减去土地使用权受让原价后的余额为营业额征收营业税。各地税务机关对16号文的解释中还有一些延伸的或者限制性的内容：⑴《重庆市地方税务局关于销售不动产或转让土地使用权营业税税收政策问题的补充通知》（渝地税发[2004]26号？）规定，单位和个人转让其以出让方式取得的土地使用权，其计税营业额为转让土地使用权所取得的全部价款和价外费用，不得扣除支付的土地出让金以及其它费用；⑵《广东省地方税务局关于明确营业税若干政策问题的通知》（粤地税函[2003]339号）规定，单位和个人将受赠、政府和主管部门划拨等非购置的不动产再销售时，以及单位和个人将受赠、政府划拨的土地使用权再转让时，以全部收入为营业额征收营业税。⑶《青岛市地方税务局关于下发营业税、财产行为税若干税收政策问题解答的通知》（青地税发[2003]166号）规定，销售购置的房产，只能扣除房产的原购置价格；销售受让的土地使用权，只允许扣除土地使用权的原受让价格。对特殊情况涉及销售不动产抵扣土地使用权的，须书面上报市局正式批复后方可抵扣。不动产或土地使用权的购置或受让原价，是指购置不动产、受让土地使用权发票上注明的价款，不包括购进不动产、受让土地使用权过程中支付的各种费用和税金。“购置的不动产”，是指单位和个人未参与建设，以直接购买获得产权方式取得的不动产；土地使用权的“受让原价”中不包括向政府交纳的土地出让金。⑷《大连市地方税务局关于纳税人销售其购置不动产或转让其受让土地使用权征收营业税问题的通知》（大地税函[2006]145号）规定，纳税人转让其受让或抵债所得的土地使用权，以全部收入减去该土地使用权的受让原价或抵债价格后的余额为营业额。这里所称“受让”是指纳税人通过转让方式取得的土地使用权，且该纳税人在转让该土地使用权时，是转让该土地使用权的剩余年限内的使用价值，对受让后再重新申请开发立项，重新计算使用年限再转让的，不按本条款征收营业税，而应按其转让价的全额征收营业税；纳税人转让通过政府出让方式取得的土地使用权的，再转让时，不按本条款征收营业税，而应按其转让价的全额征收营业税；纳税人销售不动产时，不得减除该不动产所包含的土地使用权价值。基于此，可以发现，虽然有关余额纳税的争论一直没有中断过，但各地方税务机关对16号文的基本认识已大体趋于一致；虽然各地方税务机关对16号文的解释中存在一些延伸的或者限制性的内容，但基本可以认同上述地方税务机关的解释是符合16号文原意的。
这里需说明的是，有的地方税务机关认为，只有在受让土地使用权或购入不动产环节已经缴纳了营业税的的才能按16号文规定余额纳税，对此，《国家税务总局关于营业税若干政策问题的批复》（国税函[2005]83号）已明确，单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，无论该不动产或土地使用权上一环节是否已缴纳营业税，均应按照财税[2003]16号文件第三条第（二十）项的有关规定，以全部收入减去该不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为计税营业额；同时，在营业额减除项目凭证的管理上，应严格按照财税[2003]16号文件第四条的有关规定执行。
