一是农村审计人员严重缺乏。从实际情况来看，目前农村绝大部分地区都实现了会计代理制，通过会计代理中心处理农村的财务会计问题。从审计的独立性要求来讲，会计人员与审计人员应该是两条线，两套人马，互不干涉，相互制衡。但现实的情况是，负责农村会计代理工作的农村经济管理站与负责审计的农村审计站是“两块牌子、一套人马”。这时农村审计人员严重缺乏的表现。二是农村审计人员知识构成不合理。我国农村审计大多还是财务审计，这一现实要求决定了农村审计人员大都是“财会科班出身”，真正的审计专业人员极少。这一单一的知识结构造成了人审计人员不能掌握相应的审计技术、程序和方法，不能胜任日益复杂的农村审计工作。绩效审计属于较高层次的审计，要求审计人员具备完整系统的审计知识，不仅如此，审计人员还要掌握诸如法律、经济学、数学、计算机、工程学等相关知识。因此从这一点上来讲，农村审计人员的知识构成不能适应新形势的需求。
(四)农村绩效审计理论研究滞后
我国对于绩效审计的研究起步较晚，虽然也取得了一定的理论成果，但是研究成果仍然存有缺陷：一是偏重于基本理论方面，缺乏对绩效审计实务的探讨；二是对公共机构绩效审计评价标准方面的研究比较欠缺；三是对各级政府，不同部门，特别是农村基层政府的绩效审计问题未单独进行研究。四是结合当前我国的战略任务(如构建和谐社会、创建社会主义新农村、实现全面小康目标)来研究政府绩效审计比较少见。由此可见，我国现阶段对农村绩效问题的研究内容上还不够系统和完善，理论与实践未能较好融合。
三、农村绩效审计的对策
针对农村绩效审计中存在的问题，笔者拟提出以下对策：
(一)加大绩效审计的宣传，提高农村审计人员对绩效审计的认识
财务审计的主导地位使全社会对绩效审计的了解较少。尤其是在农村地区，审计人员严重缺乏，专业素质良莠不齐，对绩效审计的认识停留在只知其一，不知其二的层次。因此，农村审计主管部门不仅要利用多种渠道广泛宣传绩效审计，而且要积极广泛的组织绩效审计知识的业务培训，让尽可能多的农村审计人员逐步掌握绩效审计的基本知识，在实践中结合自己的专业技能并运用绩效审计的方法。
(二)改革原有的农村审计模式，完善和制定农村绩效审计相关的法律法规
我国农村目前主要的审计模式为“农业部门主管下的农村集体经济审计站审计模式”。这一模式由于不能很好的解决审计独立性的问题，因而具有很大的弊端。关于农村审计模式，我国理论工作者进行了相关的研究，得出了一些有意义的结论。如陈建萍、朱朝晖(2007)认为，可以施行农村经济监察中心的模式。农村经济监察中心模式是变原来农业行政主管部门主管为国家审计机关主管，建立统一的农村经济监察中心，承担乡镇各村的财务审计监督和配合经济责任的追究工作。这样既能克服农村集体经济审计站审计独立性缺失对审计监督力度的影响，又能增强审计的权威性。袁静、魏理(2007)认为，要提高审计机关的独立性，必须改变原先的隶属关系。可以尝试将审计机关独立于政府之外，不受任何行政部门干涉，赋予其检查权、行政处理权、移送行政处理及提请司法处理权等。各级地方审计机关只受中央审计机关的领导。另外，还有必要设立一个专门的审计监督部门，保证审计的公平、公正、合法。我们基本同意上面的观点，只是这一新模式还有一些细节问题有待研究。完善和制定农村绩效审计相关的法律法规。首先应该将农村绩效审计纳入《审计法》的立法范围。其次可借鉴国外已颁布的政府绩效审计准则，制定符合我国特点的农村绩效审计准则。除此之外，相关部门还应根据农村审计人员专业素质不高的特点，组织专家学者编写审计操作指南，减少审计环节中的职业判断，从而降低审计风险。
(三)适当扩大绩效审计范围，妥善选择试点项目
选择的试点项目要有针对性和代表性，既要考虑试点项目在农村可能带来的影响，又要考虑该项目是否是农业主管部门比较关注和重视的方面，还要考虑审计难度和审计成本的问题。我国的绩效审计尤其是农村绩效审计尚处于摸索阶段，新情况、新问题很多。这就需要审计人员审时度势，选择具有重大参考价值的项目试点。在审计过程中，审计人员要充分利用自身知识，调动各种资源，为绩效审计创造良好的环境。对于已经完成试点的项目，要定期不定期的检查审计意见的执行情况，明确责任。注意检查审计报告中指出的问题是否得到纠正，审计提出的建议是否被采纳执行，对于未被采纳的审计建议要进行原因分析，这样才能发挥绩效审计的作用。
(四)优化审计人员的知识结构，提高审计人员的专业素质
社会主义新农村建设必然伴随着在农村的大量资金投入，而这些资金的投放领域将会十分广泛，这就要求审计人员在审计过程中综合运用多学科的知识。可以说审计人员知识结构的多元化已是大势所趋。审计人员不仅要通晓会计、审计、财务管理、税法以及相关法律知识，而且需要具备数学、统计学、经济学等相关学科的知识。要优化审计人员的知识结构，提高审计人员的专业素质，是一个漫长的逐步推进的过程，不可能一蹴而就。这就需要主管部门对农村审计人才培养有一个长期的统筹规划，制定详细的培养计划，有序进行，层层推进。
(五)加强农村绩效审计工作的理论研究，推进绩效审计规范化建设
审计工作的独立性和权威性需要制度来确认，完善与加强农村绩效审计工作理论，可以明确绩效审计的地位，保障农村绩效审计的有序开展。审计主管部门要组织相关专家学者对绩效审计进行研究，扩大对外交流，吸取国外成熟的理论和实践经验，尽快出台有关农村绩效审计的评价标准和操作指南。农村绩效审计工作是事关国家、农村和个人的大事，它有利于提高政府威信，增强审计监督权威性，需要各方面的通力协作。
