经济责任审计的核心就是评价经济责任，以人在某事所负的责任定性。要坚持从实际出发，以法律政策为准绳，以审计事实为依据，以“三个有利于”为判断是非得失的根本标准，对审计事项做出实事求是、客观公正的评价。具体言之，应把握以下两点：
1.怎样全面评价经济责任，是经济责任审计必须研究的重大课题。如被审计人不仅要求评价作出的决策或实施的投资项目产生的显性效益，而且要求评价其隐性效益。长远效益，不论是从理论上、合理性上看，还是从上级领导要求看，被审计人的要求都有充分的依据，但是经济责任审计是一种事中、事后审计，通常情况下，审计只能对已经发生并且产生了一定效果的财政活动的真实性、合法性、效益性，进行审查核实，依照财政法规作出审计判断。如何不回避这个难题，大胆突破现有的思维方式，积极稳妥地找出了解决途径。在具体审计过程中，对重大经济事项决策和投资项目，不能简单地以已经见到的效益效果来衡量，而是坚持经济效益和社会效益并重、短期效益和长期效益并重、显性效益和隐性效益并重的原则，从发展经济、稳定社会、巩固政权等多个角度，进行定性、定量的综合分析、预测和全面评价。
2.怎样评价宏观经济指标完成情况，直接关系到规避审计风险。宏观经济指标是反映被审计人履行经济责任情况的重要内容，这些指标是统计部门依照统计法及其相关法规、规章，采取专业方法，层层统计起来的法定数据，审计部门受职责权限、能力手段、专业水平等诸多因素所限，不仅难以全面搞清，而且如果把这些指标都纳入审计内容，将产生极大的审计风险。我认为，在审计中，可以对财政收支这一指标进行核实绩效评价，因为财政收支是经济状况最集中的反映，且审计的职能又完全可以办到，而对于其他宏观经济指标，只在叙述当地基本情况中引用，并注明出处，不加任何评价。这样，既突出了重点，又防范了审计风险，被审计方也能接受。
（四）科学绩效评价审计结果，合理运用人才
经济责任审计的主要目的，就是要加强对干部的管理，在审计中去粗取精，去伪存真，知人善任。变经济责任审计为领导干部经济问题审计，审计成果不能得以有效的利用，使领导干部经济责任审计流于形式。建议组织部要由先离任后审计，为先审计后再离任、再任职。对提拔重用的应坚持“先审后离”，以增加领导干部责任感，避免给社会上造成“走过场”的感觉，更重要的是可以最大限度地避免干部使用的重大失误，提高党和政府的威信；离岗、离职、退休或免职又不再安排新领导岗位的，因其社会影响不大，视任务情况也可“先离后审”。同时审计部门要规范经济责任审计文书格式，认真审计起草审计决定、审计意见书、审计结果报告、审计工作情况报告等相关审计文书，使组织部门能够根据审计报告，综合干部任期政绩，把握干部任用方向，也为下任领导提供好依据和参考。
总而言之,开展基层领导干部任期经济责任审计工作是新时期、新形势下党和政府交给审计机关的新任务, 是加强党的执政能力建设、保持共产党员先进性建设和践行科学发展观的需要，新形势下对经济责任审计工作提出了更高的标准与要求，基层审计机关开展经济责任审计工作,任重而道远。要根据十六大提出的 “发展要有新思路、改革要有新突破、开放要有新局面、各项工作要有新举措” 和十七大提出的“各项工作都要科学发展”的要求，进一步加强领导干部经济责任审计工作,不断从实践中发现和总结新的经验,从根本上提高对经济责任审计工作的认识,增强做好经济责任审计工作的责任感、紧迫感和使命感，来科学合理地评价领导干部任期内的经济责任
