新修订的《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令第538号）、《中华人民共和国消费税暂行条例》（国务院令第539号）及《中华人民共和国营业税暂行条例》（国务院令第540号）（统称新流转税条例）自2009年1月1日起实施。与原条例相比，新流转税条例主要有以下变化。
一、增值税暂行条例的主要变化
1.部分税率做了变动。一是降低了小规模纳税人的征收率。原条例从1998年起将小规模纳税人划分为工业和商业两类，征收率分别为6%和4%。新条例对小规模纳税人不再分设工业和商业两档征收率，而是将征收率统一降至3%。二是补充了有关农产品和运输费用的扣除率。新条例规定，购进农产品采用收购发票的，按农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和扣除率计算进项税额，扣除率由10%提高到13%，运费的扣除率为7%，同时，将于2009年1月1日起实施的增值税转型改革方案取消了原增值税政策中对于矿产品的13%优惠税率，恢复为17%的法定税率。
2.抵扣范围有新变化。新条例第10条的修改是本次修改的核心部分。一是允许抵扣固定资产进项税额。新条例删除了原条例有关不得抵扣购进固定资产进项税额的规定，这意味着自2009年起购置固定资产取得的增值税发票可予抵扣进项税额。二是不得抵扣项目增加了“国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品”条款。即与企业技术更新无关且容易混为个人消费的自用消费品（如小汽车、游艇等）所含的进项税额，不得予以抵扣。另外，还规定货物的运输费用和销售免税货物的运输费用的进项税额不得从销项税额中抵扣。
3.免税项目有所减少。新条例取消了原条例中来料加工、来料装配和补偿贸易所需进口设备的免税规定。增值税转型方案明确：一是取消进口设备增值税免税政策。即全面取消《国务院关于调整进口设备税收政策的通知》（国发[1997]37号）和《国务院办公厅转发外经贸等部门关于当前进一步鼓励外商投资意见的通知》（国办发[1999]73号）中，对国家鼓励发展的国内投资项目和外商投资项目进口设备，在法规范围内免征关税和进口环节增值税的规定。二是取消外商投资企业采购国产设备增值税退税政策。原政策规定，外商投资企业在投资总额内采购国产设备，如该类进口设备属免税目录范围，可全额退还国产设备增值税并按有关规定抵免企业所得税。之前已实施的新《企业所得税法》已将原有的采购国产设备抵免企业所得税政策取消，此次再度明确规定取消该政策，宣告了我国长期以来对内外资企业采购国产设备优惠政策的结束。
4.发票开票范围扩大。新条例规定，纳税人销售货物或应税劳务，应向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发票上分别注明销售额和销项税额。属于下列情形之一的，不得开具增值税专用发票：向消费者个人销售货物或应税劳务的；销售货物或应税劳务适用免税规定的；小规模纳税人销售货物或应税劳务的。与原条例相比，新条例扩大了开票范围，将原条例规定的不得开具增值税发票的消费者范围限定为个人，即只有消费者为自然人时才不得开具增值税发票，其他关于小规模纳税人的开票规定没有变化。同时，“销售货物或应税劳务适用免税规定的”也不得开具增值税专用发票。
二、消费税暂行条例的主要变化
1.消费税纳税主体有变化。新条例规定，在中华人民共和国境内生产、委托加工和进口本条例规定的消费品的单位和个人，及国务院确定的销售本条例规定的消费品的其他单位和个人，为消费税的纳税人，应依照本条例缴纳消费税。与原条例相比，新条例在纳税主体上增加了“销售本条例规定的消费品的其他单位和个人”，具体将由实施细则规定。
2.应纳税额计算公式有变化。新条例规定，消费税实行从价定率、从量定额，或从价定率和从量定额复合计税(以下简称复合计税)的办法计算应纳税额。新条例增添的“复合计税”规定，早在《关于调整酒类产品消费税政策的通知》（财税[2001]84号）和《关于调整烟类产品消费税政策的通知》（财税[2001]91号）中规定过，适用于卷烟、粮食白酒和薯类白酒三种产品，此次正式规定，只是税收文件的条例化。
3.税目税率有重大变化。一是对烟类中的甲类卷烟和乙类卷烟增加从量计征0.003元/支规定，乙类卷烟税率从40%降到30%。二是不再区分粮食白酒与薯类白酒。比例税率统一为20%，定额税率为0.5元/斤（500克）或0.5元/500毫升。这不仅解决了征管中对酒的分类处理，便于征收，也填补了企业利用类别差异进行避税的漏洞。同时，对啤酒分类简单化处理，具体甲乙类需重新确定。三是新增、调整税目条例化。新增高尔夫球及球具、高档手表、游艇、木制一次性筷子、实木地板税目；取消汽油、柴油税目，增列成品油税目。汽油、柴油改为成品油税目下的子目，但税率保持不变。另外新增石脑油、溶剂油、润滑油、燃料油、航空煤油五个子目；取消护肤护发品税目，将原属于护肤护发品征税范围的高档护肤类化妆品列入化妆品税目。调整小汽车税目税率、取消小汽车税目下的小轿车、越野车、小客车子目。在小汽车税目下分设乘用车、中轻型商用客车子目；调整摩托车税率，将摩托车税率改为按排量分档设置；调整汽车轮胎税率，由10%下调到3%。
