由于建设项目审计固有的特殊性，建设项目审计档案中应该收集的资料、特别是证明性文件材料包罗万象，且涉及资料的性质各异、篇幅较大，这给项目结束后的立卷归档工作带来了一定的难度。
以基本建设竣工决算项目审计为例，审计的内容不仅包括对建设单位的项目基建财务收支审计，还包括对各施工单位提交的各个单项工程造价决（结）算的审计，此外，还有对与建设项目直接相关的勘察、设计、监理、采购、供货等单位的财务收支审计等。上述审计的内容作为最原始的审计证据必须经审计人员逐一审核后形成审计工作底稿，是得出审计结论的基本依据，以一个投资额约1000万元的建设项目为例，应该收集的基础性资料数量往往超过500页，再加上审计人员在实施工程造价审计过程中还要得出约500页的计算底稿等，按照档案立卷规定，至少立卷3本档案，显然过于冗长。
针对建设项目审计内容及立卷资料的繁杂性情况，我们设想在建设项目档案立卷过程中采用设立辅助档案的做法，即严格遵循审计轨迹，从简便处着手，紧紧依托“审计工作底稿”和“审计取证材料”，充分整理和有效组织立卷资料，建立建设项目审计档案备查性质的辅助档案。
具体做法是：1、涉及建设单位、项目基本情况和工程造价审计结果的资料，均以“审计取证材料”汇总表的形式反映，分别编制“建设单位、建设项目基本情况审计工作底稿”与“工程造价审计结果审计工作底稿”。2、上述底稿所包括的建设项目立项申请和批复，招投标文本，相关土建、水电、装饰等合同，设备、建筑材料采购协议，各单项工程概（预）算和竣工决（结）算书，现场变更和签证资料，建筑施工图纸，审计计算稿等等资料均不需附在“审计工作底稿”、“审计取证材料”之后，而将之作为“辅助档案”的内容单独立卷、予以保存、并备查阅。3、涉及建设项目投资完成额、建设成本和相关财务收支的内容，经审计相关会计报表、财务账册和记账凭证及其他材料后按照 “一事一稿”的原则编制“审计工作底稿”和“审计取证材料”， 仍按常规审计档案的要求立卷归档。
设立辅助档案，既完整、清晰地反映审计轨迹和业务流程，又简化了审计档案的立卷工作，使得建设项目的审计档案形成了系统性，更便于审计内容的佐证、备查和建设项目档案的利用
