《办法》规定，企业根据财务会计核算和研发项目的实际情况，对发生的研发费用进行收益化或资本化处理的，可按下述规定计算加计扣除：
（1）加计抵扣。研发费用计入当期损益未形成无形资产的，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额。这里需要注意的是，《办法》没有对亏损企业是否可以享受该类抵扣等问题给予答复，但笔者认为，亏损企业符合条件的研发费用也可享受加计抵扣待遇。因为，无论是从应纳税所得额的计算过程，还是结合《关于印发〈中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表〉的通知》（国税发[2008]101号）规定的年度申报表格式进行判断，加计扣除的实质都是在计算出纳税调整后所得或应纳税所得额之前的一个扣除项目，如果亏损企业不允许扣除加计的研发费用，等于没有计算出纳税调整后所得或应纳税所得额。对于亏损企业扣除加计的研发费用后进一步形成的亏损，应按照税法对年度亏损的要求后转5年进行补亏。
（2）加计摊销。研发费用形成无形资产的，按照该无形资产成本的150%在税前摊销。除法律另有规定外，摊销年限不得低于10年。但此规定并不等同于无形资产成本本身按照150%摊销，因为进入无形资产成本的支出不一定都是研发费用，比如研发形成的无形资产成本中还可能包括一部分允许资本化的借款费用，这部分借款费用一般不能享受加计摊销的优惠。对于享受加计摊销优惠的无形资产而言，假设其账面余额（原?价）为500万元，全部是研发费用，会计摊销期为10年，不考虑预计净残值。摊销方法为直线法，年末对应的“累计摊销”账面余额为200万元（截止当年年末已经?摊销4年），则按照会计准则确定的无形资产账面价值为300万元。在企业收回资产账面价值的过程中，计算应纳税所得额时按照税法规定可以自应税经?济利益中抵扣的金额为300×150%=450（万元），即按照所得税会计准则确定的计税基础为450万元。无形资产账面价值300万元和计税基础450万元之间的差额150万元属于可抵扣暂时性差异，如果假定该企业属于国家需要重点扶持的高新技术企业，适用15%的所得税优惠税率，并且企业预计很可能取得足够的用来抵扣可抵扣暂时性差异的应纳税所得额，则该企业年末应确认的递研所得税资产为22.5万元。
需要说明的是，税法没有对研发费用的费用化处理或资本化处理的适用条件进行规范，此时，只能依据会计准则的相关规定进行判断。对于企业自行进行的研发项目，无形资产准则要求区分研究阶段与开发阶段分别进行核算。研究活动是否能在未来形成成果，即通过开发后是否会形成无形资产均有很大的不确定性，企业也无法证明其研究活动一定能够形成带来未来经?济利益的无形资产，因此，研究阶段的有关支出在发生时应费用化计入当期损益。而开发阶段相对于研究阶段更进一步，且很大程度上形成一项新产品或新技术的基本条件已经?具备，此时如果企业能证明满足无形资产的定义及相关确认条件，则所发生的开发支出可按无形资产会计准则予以资本化，确认为无形资产的成本。
五、申请加计扣除不需要税务鉴证
企业实际发生的研发费用，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了进行所得税年度申报和汇算清缴时，再依照《办法》的规定计算加计扣除。这种加计扣除属于一种自主申报式的扣除。《办法》没有设定任何不合理的行政许可或审批，既不要求企业从事的研发活动到科技行政主管部门去“立项”，也不要求研发费用事先通过会计师事务所或税务师事务所的审计、审核或鉴证。这一点从《办法》要求企业申请加计扣除时，应向主管税务机关报送的六大资料就可以看出。笔者认为，从下位法不得违背上位法的法理来判断，各地主管税务机关是无权强制设定科技部门审批和中介机构出具鉴证报告等附加手续的。但若主管税务机关对企业申报的研发项目有异议，可要求企业提供政府科技部门的鉴定意见书。企业研发费用各项目的实际发生额归集不准确、汇总额计算不准确的，主管税务机关也有权调整其税前扣除额或加计扣除额。
六、企业集团可对集中开发的研发费用进行内部分摊
《办法》规定，企业集团根据生产经?营和科技开发的实际情况，对技术要求高、投资数额大，需要由集团公司进行集中开发的研发项目，其实际发生的研发费用,可以按照合理的分摊方法在受益集团成员公司间进行分摊。当然这种分摊应当符合独立交易原?则。
特别需要说明的是，《办法》同样没有对企业集团采取合理分摊研发费用设定任何事前审批程序。相对此前国家税务总局《关于印发企业技术开发费税前扣除管理办法的通知》（国税发[1999]49号）的规定，企业集团研究开发费用扣除程序上得到极大简化。
另外，《办法》尚未明确集团集中研发费如果计入当期损益，是由集团总部将其所有下属企业的全部费用统一进行的加计扣除，还是由所属企业按各自所分摊的费用部分加计扣除。这一点在2009年全面取消母子公司合并纳税后如果不予明确将会影响母子公司所在不同地区的税务利益。笔者倾向于研发费用由集团公司内部合理分配后，由各公司自行计算加计扣除。
