问：我公司是一家注册于无锡市锡山区的合资企业，在中国其他地区还设有四家分支机构（分别设于上海/北京/广州/深圳），其中深圳分公司享有18%的特区优惠税率，即四家公司实行25%的税率，一家公司实行18%的税率。根据国税发[2008]28号关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》的通知第十六条，关于总分机构处于不同税率地区，应先由总机构统一计算全部应纳税所得税额，然后依照本办法的规定及相应权重比率计算划分不同税率机构的应税所得额，再分别按总分机构适用税率计算应纳所得税额。
由于年终汇算清缴时，仅由总机构进行汇总纳税企业的年度汇缴。因此请问，上述第十六条办法所规定的不同税率总分机构分别计算应税所得额及应税额是仅指季度预缴？还是说年终汇算清缴也一并适用？如此条办法不适用于年终汇算清缴，那请问像我深圳分公司是否在年终应税所得额进行纳税调整后就无法继续享受国家过渡期优惠税率的政策？
答：《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）关于总分支机构适用不同税率时企业所得税款计算和缴纳问题规定，预缴时，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照国税发[2008]28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出企业的应纳所得税总额。再按照国税发[2008]28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，向总机构和分支机构分摊就地预缴的企业所得税款。 汇缴时，企业年度应纳所得税额应按上述方法并采用各分支机构汇算清缴所属年度的三因素计算确定。
除《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）、《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）和《财政部、国家税务总局关于贯彻落实国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策有关问题的通知》（财税[2008]21号）有关规定外，跨地区经营汇总纳税企业不得按照上述总分支机构处于不同税率地区的计算方法计算并缴纳企业所得税，应按照企业适用统一的税率计算并缴纳企业所得税。
《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》第三条规定，企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。
第六条规定，就地预缴，是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
第七条规定，汇总清算，是指在年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。
第十六条规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照本办法第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。
根据上述规定，国税发[2008]28号文第十六条的规定适用于季度预缴及年终汇算清缴。但只有国发[2007]39号、财税[2008]1号和财税[2008]21号文中有关规定存在跨地区经营汇总纳税企业总分支机构适用不同税率的情况，并按上述总分支机构处于不同税率地区的计算方法计算并缴纳企业所得税，其他均应按照企业法人适用统一税率计算并缴纳企业所得税。
