国有资本经营预算制度作为新型国有资产监管体制下保证国有资产有效运营、管理和监督，实现国有资本保值增值和国有经济结构战略重组的重要工具，已经从理论探讨到了逐步推进阶段，但在国有资本经营预算编制中，仍有一些问题亟待解决。
一、国有资本经营预算是否应该包括债务收支
对于国有资本经营预算中是否应该包括债务的收入和支出，学术界存在两种不同的观点。一种观点认为，国有资本经营预算不应该包括债务收支。国有资本经营预算收入主要包括：一般经营性收入，具体包括利润、股利、红利、投资收益等；国有资产出售与转让收入、国有企业的清算所得；政府公共预算转入资金。国有资本经营预算支出主要包括：一般经营性支出，包括注入和增加国有资本金支出、股份公司中国家股增资配股支出、扶持国有企业优化资本结构和调整产业结构支出等；专项支出；国有资产监管部门的运行费用；对社会保障预算的补充支出等。另一种观点认为，国有资本经营预算应该包括债务收支。国有资本经营预算收入主要包括：国有资产收益收入、公共预算转入、国内外债务收入和其他国有资产经营收入。与其相对应，国有资本经营预算支出主要用于国有资本的再投资和再发展，主要包括：一是用国有资产收益安排的支出，具体包括：股份制企业国家股配股（或增资）支出；向新、老国有企业注入资本金支出；国家调整产业结构安排的投资支出；保证国家对重要行业和重点企业控股、参股的投资支出；国有资产保值增值的奖励支出；用国有资产收益安排的其他支出；等等。二是基本建设支出和国家专项建设基金支出。三是国有企业挖潜改造支出。四是科技三项费用支出。五是国内外建设借款还本付息支出以及其他支出。
笔者认为，债务收支是否列入国有资本经营预算应该根据债务收入的性质来定。债务收入是政府以债务人的身份通过信用的方式从国内外取得的借款收入，债务收入是一种临时性收入，将来是要还本付息的。因此，公债的发行有很强的目的性，债务收入通常要进行有收益性项目的投资，通过投资收益来还本付息。从政府公共预算和国有资本经营预算的支出性质来看，显然将债务收支列入国有资本经营预算更加合理，更有利于对债务支出项目经济效益的考核。当然，如果这样做，还有两个现实问题需要解决，一是由谁来发行公债，二是发债规模由谁确定。我国公债的发行主体是财政部，债务规模也是由财政部确定，笔者认为，公债列入国有资本经营预算后，公债（建设性）的规模首先应该由国资委根据国有资本运营和国有经济结构调整的需要提出，然后报到财政部，由财政部与国资委商定，最后由财政部发行。
二、国有资本经营预算是否应该年度收支平衡
对于政府公共预算而言，一般都强调预算的收支平衡。那么，国有资本经营预算是否也要做到预算年度收支平衡目前，很多学者也坚持年度收支平衡的观点，如邓子基（2006）将编制国有资本经营预算的原则概括为：量入为出、收支平衡、分级编制、保值增值。认为国有资本经营预算支出要以国有资本经营预算收入的多少来确定，即根据一定时期内公共预算有多少结余，国有企业税后利润有多少能够上缴的预算收入情况，科学合理地安排国有资本经营预算支出。如果国有资本经营预算支出超过了相应的预算收入，实际上是超额使用国有资本的经营收入，使下一预算年度的国有资本经营预算目标难以完成。
笔者认为，国有资本经营预算与政府公共预算的分配目的、收支性质是有本质区别的，这也决定了二者在预算平衡问题上有明显不同。政府公共预算的目的是为了满足社会公共需要，其收入主要来源于税收，其支出主要满足政府日常政务需要的开支以及提供公共产品、进行基础设施、公共设施等投资，具有非营利性特征。因此，在编制政府公共预算时通常是遵守“以收定支”、“量入为出”的原则，根据当年收入的多少来安排当年的支出，做到年度预算收支平衡，如果出现预算赤字就会影响到下一年度的各项社会事业的支出，即通常所谓的“寅吃卯粮”。如果出现财政赤字，通常采用的弥补赤字的方式是增税、银行透支、发行公债等。增税从短期来看可以增加预算收入，但同时又加重纳税人负担，不利于预算收入的长期增长；银行透支通常又会引起信用膨胀和通货膨胀；发行公债一般认为是弥补预算赤字的稳妥办法，因为它不会增加流通中的货币量，对经济的影响较小。但问题是由于政府公共预算的支出都是非营利性的，通过举债进行的支出不能创造收益来偿还所借举的债务。因此，政府公共预算通常要保持年度收支平衡。当然，特殊情况下，政府也可以采取赤字政策对宏观经济进行调控。而国有资本经营预算的目的是实现国有资本的保值增值，其预算收入主要来源于国有资本经营收益，预算支出主要是国有资本的再投入，具有明显的营利性特征。从国有资本经营预算的三个层次来看，国资委预算属于出资人预算，国资委作为国有资本出资人，为实现国有资本保值增值的目标，完全可以通过举债进行具有较高收益项目的投资。国有资本运营机构和国有企业预算都属于法人预算，作为独立的法人实体，在进行资本经营的过程中，不必做到按照其收入的多少来安排其投资和其他支出，负债经营是现代企业经营的常态，只要不会出现资不抵债或财务危机的情况，完全可以确定自己认为合理的资本结构。因此，笔者认为，国有资本经营预算不应该强调年度收支平衡，可以考虑做到周期相对平衡。
