（一）农产品抵扣凭证
由于农产品收购凭证的开具及进项税额的申报都在收购企业一个环节进行，而且农产品收购凭证是目前唯一没有纳入“金税工程”的增值税抵扣凭证，需要重点注意。
1、农产品抵扣凭证使用范围，主要涉及农产品的抵范围。《财政部、国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易方法征收增值税政策的通知》（财税[2009]9号）第一条，对“农产品”再次明确，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品。具体征税范围暂继续按照《《财政部、国家税务总局关于印发《农业产品征税范围注释》的通知》（财税[1995]52号）及现行相关规定执行。农产品收购凭证是由农产品收购企业向农业生产者个人收购免税农产品时使用的。这里的农产品收购企业，应是经工商部门批准，专门从事农产品收购或以农产品为主要生产原料的单位和个体工商户，且在申请领购收购凭证前，须向主管税务机关办理使用收购凭证的资格认定登记；这里的农业生产者个人，不包括从事农产品生产或收购的个体工商户，个体工商户销售农产品，应自行开具或向税务机关申请代开发票；农产品的具体范围，《农产品征税范围注释》（财税[1995]52号）有专门规定。
2、农产品收购凭证的开具。纳税人填开收购凭证时，应在收购现场按规定时限、号码顺序，就每一笔收购业务逐笔开具，并逐项填写销货人姓名、地址、身份证号码等。收购凭证应一人（户）一票，不得汇总开具。有些地方在具体执行时，特殊情况下经税务机关批准，也可汇总开具。
3、异地收购农产品时收购凭证的使用。农产品收购凭证实行属地原则，因此纳税人前往异地收购农产品不得私自携带收购凭证。实际工作中纳税人异地收购农产品使用收购凭证有以下两种方法：1、长期在异地设立收购点的，应在收购地办理税务登记，并向收购地税务机关申请领购收购凭证；2、临时到异地收购的，可凭所在地税务机关开具的有关证明，向收购地税务机关交纳保证金后领购收购地税务机关的收购凭证。
4、异地农户上门交售农产品时收购凭证的使用。纳税人对于异地上门交售的农户，可直接向其开具收购凭证。需要注意的是，对于商贩收购农户的农产品再上门交售的，纳税人不得向其开具收购凭证，而应由商贩自行或申请税务机关代开发票。
（二）海关专用缴款书
纳税人使用海关专用缴款书申报抵扣进项税额时，应注意以下问题：1、自营进出口业务或委托代理进出口业务的外贸企业，须在签订进口合同（包括委托代理进口合同）后五日内报送合同复印件，未按期报送的，其报关进口货物取得的海关专用缴款书不得作为抵扣凭证。2、对于纳税人丢失的海关专用缴款书，可凭海关出具的相关证明，向主管税务机关提出抵扣申请。3、纳税人申报抵扣进项税额时，应同时报送《海关专用缴款书抵扣清单》纸质及电子信息，由税务部门与有关信息稽核比对相符后，方予抵扣。另外，海关专用缴款书的复印件作为必报资料，应随同《海关专用缴款书抵扣清单》一起报送。
对于试点的三省一市，需要重点注意：1、对需申请稽核的海关缴款书数据，纳税人应以海关缴款书原件为依据，通过电子申报软件准确采集相关的海关缴款书信息，并导出《抵扣清单》报主管税务机关进行稽核比对。税务机关接收数据时同时对数据进行校验并提供接收结果通知书及清单，对符合校验规则的，予以接收；对不符合校验规则或重复采集的，不予接收。2、由于海关缴款书数据采集的准确性将直接影响稽核比对结果和申报抵扣，纳税人应准确、完整录入海关缴款书的相关信息，对海关缴款书打印模糊无法辨认的，应主动与海关或进口代理商联系确认。3、《抵扣清单》可每月多次报送，数据报送和稽核结果查询的方式主要有上门和网络传输两种。稽核系统每日对已接收的海关缴款书数据进行稽核比对，月末产生最终稽核结果。纳税人可在每月月末前对稽核情况进行查询，如因采集错误导致稽核结果异常的可立即重新采集报送。4、纳税人自5月申报期起，应在制作当月申报表前下载《稽核结果通知书》以及清单，并在《稽核结果通知书》中列明的抵扣期限内把清单数据导入电子申报软件进行申报抵扣。
真假海关专用缴款书的识别。重点注意：1、海关专用缴款书上的海关关徽均系点状特定组合，凡无特定波纹或波纹不清晰、不连贯的可怀疑为假票，应重点识别。2、海关单证专用章和银行转讫章较清晰、工整或特别清晰、工整有可能为假票。3、制单人编号违反编码规则。制单人编码为6位数字组成，前2位系海关代码。如上海海关前2位应为“22”。如制单人编号前两位为“23”或编码长度为4位可直接断定为假票。3、票面其它内容打印均工整、位置适中，但专用缴款书号码打印位置偏左，覆盖票面英文印刷字体“NO”。4、海关名称需要重点注意。如文锦渡、南汇、皇岗等海关的海关专用缴款书出现伪造的可能性较大。提醒广大纳税人在取得海关专用缴款书时，综合分析对比，以减少不必要的损失。
