1.改变过去混合销售行为或征增值税或征营业税的处理原则，对提供建筑业劳务的同时销售自产货物的行为等混合销售行为，其应税劳务和货物分别缴纳营业税和增值税。应注意的是，提供建筑业劳务的同时销售的是自产货物，而不是销售所有的货物。对提供建筑业劳务的同时销售外购货物的仍然视为混合销售行为。
2.兼营行为的范围由过去的“兼营应税劳务与货物或非应税劳务”调整为“兼营应税行为和货物或者非应税劳务”。同时将“不分别核算或者不能准确核算的，其应税劳务与货物或者非应税劳务一并征收增值税，不征收营业税”调整为“未分别核算的，由主管税务机关核定其应税行为营业额”。这样调整，首先解决了过去因纳税人兼营行为划分不清楚必须全部征收增值税的合理性问题；其次还防止了纳税人利用营业税税负与增值税税负差异的情况，有意划分不清楚，达到少纳税款的目的。
变化点五：分公司或分支机构也可成为营业税纳税人。由“独立核算单位和不独立核算单位”作为营业税纳税人，调整为单位，但不包括单位依法不需要办理税务登记的内设机构“，分公司或者分支机构也可作为营业税纳税人。
变化点六：纳税义务发生时间规定更加明了。这个也是新条例的重大变化，主要体现在以下三个方面：
1.将“提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产”作为确认纳税义务发生的前置条件。新条例第十二条规定，“营业税纳税义务发生时间为纳税人提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产并收讫营业收入款项或者取得索取营业收入款项凭据的当天。国务院财政、税务主管部门另有规定的，从其规定”。新条例进一步强调了收讫营业收入款项不能简单地确认营业税纳税义务发生。
2.明确了“收讫营业收入款项的当天”和“索取营业收入款项凭据的当天”的含义。新细则第二十四条规定，条例第十二条所称收讫营业收入款项，是指纳税人应税行为发生过程中或者完成后收取的款项。条例第十二条所称取得索取营业收入款项凭据的当天，为书面合同确定的付款日期的当天；未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为应税行为完成的当天。在理解该规定时，要注意两个方面：一是这两个条款的适用前提是提供应税行为，包括提供应税行为“过程中”和“完成”两种情形，但对应税行为提供前收到的款项不能以收到款项的当天确认纳税义务发生时间。二是收到款项和合同约定付款日期要遵循孰先的原则。
3.调整了建筑业、租赁业、自建行为等应税劳务的纳税义务发生时间。新条例和细则将建筑业或者租赁业预收款的纳税义务发生时间由过去的根据财务制度确认收入的时间，调整为收到预收款的当天，这一调整主要是为了解决建筑业和租赁业劳务跨度时期长、不易征收管理的问题。同时规定，对纳税人发生本细则第五条所称自建行为的，其纳税义务发生时间为销售自建建筑物的纳税义务发生时间；并将旧条款“收讫营业收入款项或者索取营业收入款项凭据的当天”调整为“与销售不动产的纳税义务发生时间同步”，也就是说如果销售不动产发生预收款行为的，则其自建行为也应在收到预收款的当天确认纳税义务发生时间。
变化点七：纳税地点的表述调整为机构所在地。旧条例第十二条对于营业税应税劳务的纳税地点规定：“（一）纳税人提供应税劳务，应当向应税劳务发生地主管税务机关申报纳税。纳税人从事运输业务，应当向其机构所在地主管税务机关申报纳税”。而新条例第十四条调整为：“（一）纳税人提供应税劳务应当向其机构所在地或者居住地的主管税务机关申报纳税。但是，纳税人提供的建筑业劳务以及国务院财政、税务主管部门规定的其他应税劳务，应当向应税劳务发生地的主管税务机关申报纳税”。
变化点八：纳税申报期限延长。与旧条例相比，纳税申报期限由月后10日内延长至月后（或者季后）15日内。
