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主营收入确认的另一难点是收入如何确认，科目处理不当也会对收入确认的真实性产生影响。
通常情况下销售。如果符合确认条件，借记银行存款、应收账款、应收票据等科目，贷记主营业务收入，应交税费—应交增值税（销项）。
如果不符合确认条件，则不确认收入而计入“发出商品”。
现金折扣、商业折扣、销售折让。现金折扣销售应按照总价法确定收入金额，现金折扣在实际发生时计入财务费用。商业折扣销售应按照净价法确定收入金额。销售折让销售，如已确认收入的售出商品发生销售折让的，应在发生时冲减当期收入；如属于资产负债表日后事项的，应按资产负债表日后事项的有关规定处理。
售后回购、售后租回。收到的款项都应确认为负债。回购价格大于原 售价的，差额应在回购期间按期计提利息，计入财务费用。租回商品售价与资产账面价值之间的差额，应当采用合理的方法进行分摊，作为折旧费用或租金费用的调整。有确凿证据表明售后回购或经营租赁的售后租回交易满足销售商品收入确认条件的，销售的商品按售价确认收入。
销售退回。没有销售退回条件的商品销售，如发生在企业确认收入前，冲回发出商品。发生在企业确认收入后，如不属于资产负债表日后事项，冲减当月销售收入及成本；如属于资产负债表日后事项，则按资产负债表日后事项准则处理。附有销售退回条件的商品销售，如果企业能按经验对退货的可能性作出合理估计的,应在发出商品时将估计不会发生退货的部分确认收入；估计可能发生退货的部分，不确认收入；如果企业不能合理地确定退货的可能性，则在售出商品的退货期满时确认收入。
收入确认金额要“合规”
企业销售商品满足确认条件时，从购货方已收或应收的合同或协议价款，通常为公允价值。
某些情况下，合同或协议明确规定销售商品需要延期收取价款，如分期收款销售商品，实质上具有融资性质的，应当按照应收的合同或协议价款的公允价值确定收入金额，应收的合同或协议价款与其公允价值之间的差额，应当在合同或协议期内采用实际利率法进行摊销，计入当期损益。附有销售退回条件的商品销售，按照估计不会退货的比例确定不会发生退货部分的应确认收入金额。
现金折扣应按照扣除现金折扣前的金额确定收入金额。商业折扣应当扣除商业折扣后的金额确定销售商品收入金额。销售折让通常在发生时冲减当期销售商品收入；如属于资产负债表日后事项的，则按资产负债表日后事项的有关规定处理。
