《办法》规定了成本分摊协议的备案和审核制度。成本分摊协议要求在协议达成之日起的30天之内层报国家税务总局备案，其判定和审核的最终决定权也在国家税务总局。因此，纳税人需要注意，不符合独立交易原则的成本分摊协议将导致无法税前扣除。也就是说，纳税人尽管向税务机关提交了成本分摊协议，但如果国家税务总局不批准，有关费用不能扣除的风险仍然存在。为降低这种风险，《办法》规定成本分摊协议可以用预约定价的方式达成，纳税人可以据此对未来年度内的费用扣除风险进行有效掌控。
《办法》规定，企业执行成本分摊协议期间，应准备和保存成本分摊协议的同期资料。企业执行成本分摊协议期间，无论成本分摊协议是否采取预约定价安排的方式，均应在本年度的次年6月20日之前向税务机关提供成本分摊协议的同期资料。成本分摊协议的同期资料要求与一般的同期资料准备并不相同，有单独的文档准备要求，共涉及收益预期、加入支付、补偿支付、变更和中止、非关联方使用情况等8个方面的内容。另外，成本分摊的同期资料和一般同期资料的提交时间不同，如果纳税人没有在次年6月20日之前提交同期资料，则分摊的成本不能扣除。
成本分摊协议对于中国的税务机关是一个崭新的领域。虽然目前税务机关缺乏如何操作的经验，也缺乏较成熟的审批标准，但有一点可以确定，一个成本分摊协议如果不能证明其对中国境内实体的未来收益有长期的、合理的贡献，那么其费用分摊的合理性很可能受到税务机关的质疑。
用好成本分摊协议的建议
成本分摊协议属于转让定价工具的一种。一方面，有效利用这一工具将有利于企业优化税负，另一方面，其也存在不小风险。在此我们提出如下建议，供纳税人参考。
对于尚未进行任何成本分摊的纳税人，应结合自身的经营情况和商业特点进行全面综合的分析，比较成本分摊协议为企业带来的收益和代价，判断进行成本分摊的可行性，以确定纳税人是否有必要进行成本分摊安排。
如果纳税人准备进行成本分摊安排，应详细进行评估和测算，尤其应考虑到合理商业假设发生变化对经济预期和分摊成本的影响，以准备符合独立交易原则和配比原则的成本分摊协议。在着手进行境内外企业之间的成本分摊安排之前，需要考虑到不同国家对于成本分摊安排要求的差异，制定符合全局利益的整体成本分摊安排。
对于已经进行了成本分摊的纳税人，应严格按照《办法》的要求进行相关工作，尤其需要关注时效性，以尽量降低风险。比如，在协议达成之日起的30天之内层报国家税务总局备案，为成本分摊安排准备符合法规要求的同期资料，并在次年的6月20日之前提交。
纳税人应充分评估当前的成本分摊协议的各项技术问题，包括成本分摊协议是否属于《办法》所允许的范围、是否符合独立交易原则、是否可能无法在税前扣除、是否可能导致税务机关的调整等等。另外，纳税人应充分评估各种买进、卖出、商业条款变更、中止等行动对于成本分摊协议的重要影响和必要调整。
关注成本分摊协议引发的其他税务问题的最新法规，在可能的情况下对成本分摊安排进行灵活调整，如成本分摊协议对于技术研发费加计扣除的影响、成本分摊协议下具体的营业税、预提所得税的征收管理等等。
