一、主要弊端
（一）会计信息的真实性难以监控。会计资料中原始凭证是最基本的资料,也是反映经济业务真实性的第一手资料，对原始凭证的审核和监督是判断会计信息真实性的重要环节。会计集中核算后，中心的人员并不参与单位的具体业务，只能根据票据来判断，看单位报账发票的手续是否完备、票据是否合法有效，不管反映的经济内容是否真实，都必须报销。
（二）会计核算与财产物资管理相脱节。会计中心将记账、算账工作进行了集中，而财产物资等需要反映的客观经济事物仍分散在单位。特别是固定资产,会计中心只核算一级总账科目,明细账仍由单位登记保管,财产物资由原单位进行管理。如果单位领导与报账员法制观念淡薄，或因工作疏忽而不提供真实情况,会计中心将无从得知各单位的资产实有状况。
（三）单位领导和报账员难以准确、及时地掌握本单位的往来经济业务。集中核算后在处理单位往来经济业务时，由于单位报账员不进行日常账务处理，而会计中心只是提供月报表资料，使单位领导及报账员对本单位债权债务不能及时掌握，给其结算工作增添了不必要的麻烦。
（四）单位对资产的处置、预算外收入和往来款项的管理职能有所弱化。集中核算后，对实物、资产、合同等经济事项的反映，往来事项的处理和各项收入的管理分散在单位，造成会计管理职能难以深入。使有些单位有空可钻，对单位的资产处置收入、门店的出租收入、有关单位的赞助收入等不及时入帐，或只入一部分，其余的放在帐外任意开支。
（五）挪用专款较为突出。
一是从帐面直接挪用。体现在：一方面集中核算内容不够完整、核算方法不够规范，使单位的各项专项资金只在一个帐户里反映，与正常经费混在一起，没有进行明细核算，看不出各类专项资金的各自拨入、拨出和结余情况，不利于专项资金的专款专用和监督、拨付、使用；另一方面是会计的责任心不强造成挪用，有些款项的来源用途填写较为模糊，使操作起来有一定难度，但有些有专门戴帽下达的文件，原单位又不给会计中心提供，会计中心也只好以上级补助收入入账，这样顺理成章将专项资金挪作他用。
二是通过预拨项目资金形式挪用。主要指实行报帐制项目单位，会计核算中心将资金按项目进度先预拨一部分，实施项目单位是否按规定、按标准进行施工，是否进行了工程质量验收等相关手续，甚至根本不属于指定的项目，项目单位为了达到在核算中心顺利审核过关及报帐的目的，尽可能将一些违反财经法纪的事项想方设法完备相关的手续。
三是以“先拨后返”的方式挪用。首先在安排资金时意向性地对下属单位、某部门、某乡镇多安排一些，然后又以购材料物资、培训、召开有关会议等形式返回有关单位，以达到挪用的目的。
四是以虚报花名册名义挪用。主要指公益性岗位补贴、就业补助、低保补助等补助性资金，各乡镇、村委会伪造补助对象花名册向上报帐，然后将这部分资金置换出来弥补单位经费不足或用于其它建设项目。
