预缴所得税的基数
企业预缴的基数为“实际利润额”，而此前的预缴基数为“利润总额”。“实际利润额”为按会计制度核算的利润总额减除以前年度待弥补亏损以及不征税收入、免税收入后的余额，即按新规定，允许企业所得税预缴时，不但可以弥补以前年度的亏损，而且允许扣除不征税收入、免税收入。这在一定程度上减轻了企业流动资金的压力。
不征税收入的处理
《企业所得税法》第七条规定，收入总额中的不征税收入为：财政拨款，依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金，国务院规定的其他不征税收入。《企业所得税法实施条例》指出，《企业所得税法》第七条第（三）项所称国务院规定的其他不征税收入，是指企业取得的，由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金。对于税法上规定的不征税收入，在会计上可能作为损益计入了当期利润，按照《企业会计准则第18号——所得税》的规定，上述财税差异不属于暂时性差异，在未来期间无法转回，应该归为永久性差异，在所得税预缴或汇算清缴时，按照“调表不调账”的原则，企业应作纳税调减处理。
免税收入的处理
根据《企业所得税法》第二十六条，《企业所得税法实施条例》以及财政部、国家税务总局《关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税〔2008〕1号）的规定，免税收入主要包括：国债利息收入，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益，符合条件的非营利组织的收入。
对于免税收入，可能形成永久性差异（国债利息收入），也可能是暂时性差异（投资收益），企业应视具体情况进行分析。
例：A公司2009年第一季度会计利润总额为100万元，其中包括国债利息收入5万元，企业所得税税率为25％，以前年度未弥补亏损15万元。企业“长期借款”账户记载：年初向建设银行借款50万元，年利率为6%；向B公司借款10万元，年利率为10%，上述款项全部用于生产经营。另外，计提固定资产减值损失5万元。假设无其他纳税调整事项。A公司第一季度预缴所得税的数额确定和会计处理如下：
企业预缴的基数为会计利润100万元，扣除上年度亏损15万元以及不征税收入和免税收入5万元后，实际利润额为80万元。对于其他永久性差异，即题目中长期借款利息超支的4万元〔10×（10%－6%）〕和暂时性差异（资产减值损失5万元），季度预缴时不作纳税调整。会计处理为：
借：所得税费用200000
贷：应交税费——应交所得税 200000（800000×25%）。
下月初缴纳企业所得税：
借：应交税费——应交所得税 200000
贷：银行存款200000。
