1.对关联方往来账款损失认定要求不明。13号令第二十二条第七款强调，与关联方的往来账款损失必须经由法院判决或所在地主管税务机关证明。88号文件没有这方面的规定条款，关联方企业之间有可能会利用这一点，做一些不利于税收的动作。有关部门应该对此制定补救办法。
2.对股权投资损失税前扣除没有限制条件。按照老政策的有关规定，当年税前扣除的股权投资损失金额不得超过当年实现的股权投资收益和股权转让所得，超过部分结转以后年度扣除。新《企业所得税法》及实施条例对此没有规定，只在《国家税务总局关于印发[企业所得税纳税申请表]的通知》规定的报表填列说明中按老政策作了明确，但后来又在《国家税务总局关于〈企业所得税纳税申请表〉的补充通知》中，对这一明确作了删除。在新《企业所得税法》下，如何对上述股权投资损失做税前扣除，财税[2009]57号文件和88号文件都未予以明确。
有税务专家认为，不应以企业当年实现的股权投资收益和股权转让所得弥补股权投资损失，特别是按新税法规定股权持有期间的投资收益属于免税收入，要求企业用免税收入弥补允许税前扣除的投资损失，有违合理性原则，侵犯了纳税人的合法权益。政策应该明确为企业2008年及以后年度发生的股权投资损失，经批准后可在发生当年做一次性扣除。
3.资产损失证据及鉴证规定不明确。（1）专业技术鉴定部门是指哪些部门？不同损失内容如存货、固定资产、在建工程、生产性生物资产等发生损失，应由哪些专业技术鉴定部门出具鉴定报告？（2）具有法定资质的中介机构包括哪些？是否为税务师事务所、会计师事务所？是否还包括其他机构？（3）资产清偿证明应由哪些部门出具？如债务人死亡清偿证明是由政府部门出具，还是由家属出具？再如债务人吊销清偿证明应由哪些部门出具，文件也没有明确。（4）中介机构经济鉴证证明是否就是资产损失审核鉴证报告，除法规明确要提供该证据以外，其他损失是否均要出具鉴证报告，需要进一步明确。
